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转座子第2022天

移动DNA庆祝转座子的一天每年的6月16日,以纪念转座因子研究创始人的生日,问麦克林托克芭芭拉(1902 - 1992)。设立这一天是为了纪念她的遗产,并让人们关注这项改变了研究人员对进化、疾病和基因组学的看法的重要研究。

特色文章:一个初学者的指南,手动管理转座元素

RM2输出的示意图表示在转座因子(transposable elements, TEs)的研究中,生成高置信度的一致序列集,代表在给定基因组中发现的TEs的多样性,是研究这些迷人的基因组因子的关键一步。本文试图通过提供一套详细的计算机协议、软件推荐和视频教程来填补te的自动标注和手动策划库之间的空白。读完整篇文章在这里!

特色系列:模式生物中的转座因子

新内容项我们很自豪地展示了一系列聚焦于模式生物中的转座因子(TE)的新综述论文。本系列将全面甚至涵盖模式物种中工商业污水的多样性;TEs在物种研究中的突出问题和未来发展方向;和很多更多的!

编辑的选择

由总编辑挑选的关于移动元素的最新文献精华。

利用CRISPR rna引导的整合酶系统,实现超长DNA序列的一步高效基因组整合。[核酸Res. 2022]PubMed

人内源性逆转录病毒- k (HERV-K)逆转录酶(RT)的结构和生物化学揭示了与HIV-1逆转录酶的显著相似性和HERV-K特异性抑制的机会。[Proc Natl Acad Sci usa . 2022]PubMed

在非小细胞肺癌中,LINE-1通过刺激代谢重编程促进致瘤性并加剧肿瘤进展。(2022年摩尔癌症。)PubMed

在mESCs和小鼠发育中,FTO介导line1m6a去甲基化和染色质调控[科学]。2022]PubMed

Ty1启动子活性或结构对逆行性宿主编码调控子的依赖。[前沿分子生物科学。2022]PubMed

查看所有编辑的选择

目标和范围

移动DNA是一种在线的、同行评议的、开放获取的期刊,发表的文章提供了关于任何生物体中转座因子的功能、生物影响和进化的新见解。与转座因子相关的主题可能包括遗传或表观遗传变异、基因组重排、转座机制、模式和过程,以及移动因子在宿主基因组进化中的作用。

移动DNA旨在理解:
  • 通过遗传、比较基因组、生化和结构方法的基因组内和基因组间迁移机制
  • 环境和发育过程中对DNA重排的调节
  • DNA重组如何重塑细胞功能和生物进化
  • 转座因子在多种生物疾病中的作用
  • 宿主相互作用与遗传/表观遗传调控网络

移动DNA反映了对期刊的需要,跨越专业重组的所有方面,从结构和机制到进化的影响。此外,该杂志还将考虑在生物技术方法和协议以及相关的生物计算工具中使用移动遗传元素的文章。

Irina Arkhipova,伍兹霍尔海洋生物实验室
凯瑟琳·伯恩斯,美国哈佛医学院达纳-法伯癌症研究所
帕斯卡尔勒,法国INSERM

我们的副编辑:
Orsolya Barabas,欧洲分子生物学实验室(EMBL),德国
Gael Cristofari,法国国立学院Santé和研究学院Médicale
亚当·尤因,澳大利亚昆士兰大学板牙研究所
Clément Gilbert, CNRS, Université巴黎萨克莱,法国
Molly G hamell,冷泉港实验室,美国
Damon R Lisch,普渡大学,美国
乔·彼得斯,康奈尔大学,美国
菲比·赖斯,芝加哥大学,美国
Vincent Colot, Institut de de l'Ecole Normale Supérieure (IBENS),法国

链接到有用的TE社区资源

转座元素实验室目录

女性在测试工程师(由Cedric Feschotte维护)

职位空缺

Transposons Worldwide SLACK页面(Rebecca Berrens管理)

移动DNA工具集合

TE消化(Alexander Suh)

TE中心

TnCentral

ISfinder(插入序列数据库)

即将到来的会议

移动DNA很荣幸与大家分享读者感兴趣的以下会议信息:


移动DNA会议:进化、多样性和影响

2022年6月5日至9日,爱尔兰马拉希德


杂志年度指标

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