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下一代液体活检测序:癌症筛查和早期发现

人类基因组学体积13，文章号:34（2019）引用本文

摘要

近年来，新一代测序(NGS)技术的快速发展使得测序成本大幅降低，测序精度也有所提高。在液体活检领域，NGS已被应用于循环肿瘤DNA (ctDNA)测序。由于ctDNA是肿瘤细胞释放的DNA片段，它可以提供癌症的分子特征。液体活检可应用于癌症诊断和治疗的各个阶段，实现对疾病发展的非侵入性和实时监测。液体活检在癌症应用中最有前途的方面是癌症筛查和早期诊断，因为它们可以导致更好的生存结果和更少的疾病负担。尽管许多ctDNA测序方法具有足够的灵敏度，可以在癌症早期检测出极低水平的突变频率，但如何在人群筛查环境中有效地实施它们仍然具有挑战性。本文重点介绍了液体活检在癌症早期筛查和诊断中的应用，介绍了ngs相关方法，综述了近年来的进展，总结了面临的挑战，并探讨了未来的研究方向。

简介

癌症对全世界的公共卫生有重大影响。降低癌症负担的一个策略是通过癌症筛查和早期诊断。众所周知，如果早期诊断，患者治愈率和5年生存率较高[1］．医疗费用随着年龄的增长而急剧增加[2，3.］．组织活检是癌症检测、分期和预后最广泛使用的工具，但有时肿瘤组织很难获得，特别是在转移性疾病如晚期肺癌中。此外，在肿瘤尚未形成时，利用组织活检进行癌症筛查和早期诊断是不现实的。目前，有一些筛查方法被证明对预防癌症是有用的。例如，乳房x光检查是检测乳腺癌的最佳方法;巴氏试验用于早期发现子宫颈癌;建议定期进行结直肠癌筛查和低剂量计算机断层扫描，以分别降低结直肠癌和肺癌的死亡率[4］．然而，所有这些筛查方法的敏感性和特异性都有限，仅适用于一种独特的癌症类型。为了在未来对健康个体进行大规模的癌症筛查，需要一种更普遍和更具成本效益的方法。近年来，许多科学家和公司都将目光投向了液体活检[5，6，7，8］．血液中含有多种生物物质，如循环细胞、血小板、细胞外囊泡、mRNA、miRNA、蛋白质和无细胞DNA [9］．从癌症患者的血液中，一部分cfDNA通过凋亡、坏死或主动释放被肿瘤细胞释放[10，这种DNA被称为循环肿瘤DNA (ctDNA)。ctDNA序列中的肿瘤特异性突变可以作为一种新型的癌症生物标志物，帮助从一组健康个体中识别癌症患者。与传统的组织活检诊断癌症相比，液体活检更可行、创伤更小，在评估肿瘤异质性方面比组织活检更全面[11因为所有的肿瘤部位都会将ctDNA释放到血液中。在新一代测序(NGS)技术快速发展的推动下，ctDNA测序可实现比组织活检更高的灵敏度，并可用于不同的目的[12］．

应用程序

筛查和早期诊断

液体活检是一种强大的技术，可应用于不同阶段的癌症筛查和治疗。在无症状人群中，可用于识别癌症患者，提高早期诊断和更好的干预。然而，使用ctDNA测序进行癌症筛查和早期诊断面临着巨大的障碍。首先，在无症状个体中ctDNA的浓度仅约为1 ~ 10 ng/mL [12］．因此，为了达到95%的敏感性，研究表明每次乳腺癌筛查大约需要150至300毫升的血液样本[13］．其次，除了肿瘤细胞外，正常健康细胞和造血细胞也对血液中的cfDNA有贡献，导致ctDNA检测用于癌症诊断时的假阳性增加[14］．目前正在努力满足癌症筛查和早期诊断的敏感性和特异性要求[15，16，17］．目前，一些ctDNA检测方法可以获得比癌症源性抗原更高的敏感性和特异性，如前列腺特异性抗原、癌胚抗原、碳水化合物抗原(CA) 19-9、CA 15-3和CA-125 [18］．有几条证据支持ctDNA在筛查中的进一步应用。一些队列研究表明，ctDNA可用于早期肺癌诊断(I期或II期)，并可获得较高的敏感性和特异性[16］．突变等喀斯特而且TP53可在癌症诊断前1年的个人储存的痰样本中检测到[19］．在另一项前瞻性研究中，喀斯特而且TP53在癌症诊断前2年，健康受试者的cfDNA中检测到突变[20.］．除了DNA突变外，cfDNA水平的量化[21]和DNA甲基化[22]可以结合起来提供稳健和一致的结果。SEPT9基因甲基化检测是美国食品和药物管理局(FDA)批准的首个结直肠癌血液筛查试验[23，24］．其敏感性和特异性均高于蛋白质标记[25］．

治疗选择与预后

在癌症诊断后，ctDNA测序可以使患者的肿瘤特异性分子图谱指导精准医疗的靶向治疗。cfDNA在循环中的半衰期为16分钟至2.5小时[26］．这就是为什么ctDNA可以被认为是反映病变整体演变的“实时”快照[12］．这可以实时和长期监测治疗效果，使可行的治疗调整和更好的预后。此外，ctDNA有助于动态监测克隆进化，并有助于识别耐药亚克隆的出现[12］．迄今为止，欧洲药物管理局[27]和食品及药物管理局[28已经批准使用ctDNA进行表皮生长因子受体(EGFR)突变检测，用于指导非小细胞肺癌(NSCLC)患者的治疗。此外，一些新批准的免疫疗法已知会产生不同于其他全身治疗的肿瘤反应模式。常规监测治疗效果的做法可能不再合适了。对于使用免疫检查点抑制剂治疗NSCLC的患者，ctDNA被证明是治疗疗效的早期标志物，可以更好地预测生存结果[29］．

残留疾病和复发风险

即使治疗成功，复发仍然是许多癌症患者的重大威胁，很难通过影像学或组织活检及时发现残留病变。目前有效可靠的标记物很少。最近的研究表明，ctDNA检测能够比放射成像早几周发现残留疾病[30.]，与ctdna阴性组相比，ctdna阳性患者复发风险更高，预后更差(如总生存期和无病生存期更短)[31］．此外，研究表明，系统发育ctDNA分析可用于跟踪肺癌复发和转移的亚克隆性质[15］．根据收集到的资料，癌症患者可以分层接受不同的辅助治疗，以防止过度治疗[12］．

测序技术

ctDNA在血浆中的浓度已被证明与肿瘤大小相关[32]和阶段[33］．患有各种癌症类型的I期疾病的患者血浆中每5毫升肿瘤突变的拷贝数小于10个。相比之下，晚期患者的拷贝数增加了10到100倍[34］．因此，用于早期癌症诊断的ctDNA检测应该是高度敏感的。然而，高灵敏度的分析总是昂贵的，使得大规模的实际应用不现实。对于晚期癌症肿瘤分型，敏感性可以是中等的，因为ctDNA的浓度要大得多。同时，ctDNA检测的成本是可以接受的，有几个可用的商业平台(表1)．敏感性和成本之间总是要权衡的。已经提出了各种方法来降低成本、背景噪声和放大步骤中引起的误差。这些方法可以按不同的方式进行分类。根据测序技术分为pcr测序和ngs测序。基于检测面板的大小，有单位点/多位点检测、靶向测序和全基因组测序。基于pcr的测序可用于单位点/多位点检测和靶向组，而基于ngs的测序可应用于任何组大小。

表1液体活检公司名单
全尺寸表

pcr方法

基于pcr的方法应用最广泛，可以达到极高的灵敏度。基于PCR的方法可分为三类:实时定量PCR (qPCR)、数字PCR (dPCR)和基于质谱的方法。qPCR是常用的方法，因为它快速且相对便宜[46］．然而，它只能检测到大于10%的突变等位基因分数(MAF) [47］．为了提高qPCR的灵敏度，已经开发了几种变体。例如，低变性温度共扩增(COLD-PCR)可以通过控制变性温度优先扩增突变序列。事实证明，这是一种检测约0.1% MAF的稳健方法[48，49］．

dPCR的原理与qPCR相似，只是它将样本分成数千个平行PCR反应，以减少背景噪声。因此，可以检测出小于0.1%的MAF [50］．敏感性可通过使用多路患者特异性面板进一步增强[51]或分子条形码[52]以降低背景测序错误率。在dPCR的变体中，基于四种主要成分:珠粒、乳剂、扩增和磁性的beam被认为是最敏感的方法，检出率为0.02% [53］．然而，该方案是复杂的，它是相对昂贵的常规临床使用。它使用引物结合珠结合DNA模板，并将混合物分布在油洗洁精中，以创建许多包含不超过一个模板或珠的水隔室。然后，整个系统进行常规PCR。由于每个模板分布在一个分离的反应空间中，因此模板的放大更有针对性，引起的误差更少。最后，应用荧光杂交和流式细胞术对不同模板进行区分和计数。

除qPCR和dPCR外，质谱法是对传统PCR方法的改进，在多重检测方面具有独特的优势。例如，UltraSEEK可以检测MAF低至0.1%的突变序列混合物。它首先应用多重PCR同时扩增所有混合物。然后，用标记的链终止子捕获突变，进行sing-base扩展，并使用基质辅助激光解吸/电离飞行时间质谱法进行识别[54］．

NGS-based方法

尽管基于pcr的方法既敏感又便宜，但它们只能筛选已知的变异，而且输入和速度都有限。NGS具有较高的吞吐量，可以筛选未知变量。目前，NGS能够检测到MAF<1% (55］．此外，许多方法都像唯一的分子标识符[29]或唯一条码[16]可以帮助提高敏感性，减少假阴性。这些方法能够检测出59%的MAF在0.1%左右的I期或II期肺癌患者[16]且ctDNA反应与放射学反应具有良好的一致性[29］．NGS可以应用于靶向面板，以特异性和高灵敏度检测靶向ctDNA突变。许多方法将NGS应用于靶板，即标记扩增子深度测序(TAm-seq)、安全测序系统(Safe-SeqS)、癌症个性化深度测序(CAPP-Seq)和Ion Torrent。

对于TAm-seq，研究人员首先设计特殊的引物来扩增感兴趣的区域。为了控制采样误差和等位基因损失，引物首先用于在预放大步骤中与模板结合以放大原始信号。接下来，模板进行单独扩增以进行纯化。得益于这种两步扩增设计，TAm-seq可能能够识别~ 2% MAF突变，灵敏度超过97% [56］．增强版的TAm-Seq，命名为eTAm-Seq™，可以检测低至0.25%的MAF，灵敏度为94%。此外，还对其进行了修订，以识别单核苷酸变异(SNVs)、短插入/缺失(indels)和拷贝数变异(CNVs) [57］．

对于Safe-SeqS，关键思想是向每个模板添加唯一标识符(UID)。扩增后，如果一个突变在大多数相同的uid连接序列中没有出现，那么它很可能是由其他错误引起的。通过这种方式，Safe-SeqS将测序误差减少了至少70倍[58]并且在检测肿瘤突变方面具有高达98%的敏感性[59］．

CAPP-Seq是文库制备方法和专门的生物信息学工作流程的结合。该库从感兴趣的群体中生成许多反复突变的基因组区域的混合亲和捕获，以创建一个“选择器”。“选择器”应用于肿瘤DNA，以识别个体特异性突变作为先验知识。然后应用ctDNA进行定量[52，60］．CAPP-Seq在II-IV期NSCLC患者中检测MAF ~ 0.02%的敏感性接近100% [61］．

Ion Torrent是由赛默飞世尔科技公司开发的NGS平台。它允许CNVs，单核苷酸多态性(SNPs)， indes和融合检测，只需1 ng DNA输入[62］．一项研究应用该平台，覆盖了来自50个癌症基因的2800个COSMIC(癌症体细胞突变目录)突变，成功识别了71%的转移性乳腺癌患者[63］．另一项研究涵盖了46个基因的6800多个COSMIC突变。在研究中，在转移活检中发现的约97%的突变在匹配的ctDNA中被检测到[64］．然而，将dPCR与Ion Torrent进行比较的研究人员得出结论，dPCR更敏感，可以对一些靶板检测到更小的MAF [65］．

虽然目标面板可能因其高灵敏度和低成本而成为首选，但它们只能检测点突变和indel。NGS的一个独特优势是它可以应用于非靶向组来发现全基因组DNA变异。全基因组测序(whole -genome sequencing, WGS)通常用于获得肿瘤DNA的全基因组谱，包括点突变、插入、重排和CNVs [46］．虽然WGS为我们提供了丰富的信息，但它是昂贵的和不敏感的。全外显子组测序(WES)是WGS的一种流行的替代方法。只对外显子进行测序成本更低。然而，WGS和WES都需要较高的输入样本量，当ctDNA浓度较低时，阻碍了其在筛查和早期诊断中的应用。针对不同的变异类型，已经提出了许多全基因组测序方法，如用于重排检测的PARE(重排末端个性化分析)，用于DNA含量定量的数字核型分析，以及用于CNVs检测的Fast - seqs(快速非整倍体筛选试验-测序系统)。

PARE首次使用下一代配偶配对序列分析来识别肿瘤组织的个体化重排。然后应用PCR对检测到的重排进行定量监测。对于检测患者血浆样本中ctDNA低于0.001%具有高度敏感性[66］．一些研究表明，ctDNA在水平>在癌症患者中检出0.75%，敏感性大于90%，特异性大于99%。即使ctDNA的单个重排副本也可以被检测到，而不会出现假阳性[67］．

数字核型分析是一种高分辨率检测全基因组异常的定量方法，包括未知的染色体变化、改变的区域和DNA序列[68］．它使用两种酶将DNA切割成大约10 kb的短片段，并用标签连接每个片段。这些标签有助于将DNA片段与基因组对齐，并通过它们的密度检测DNA序列中的异常。正畸齿同源物2 (OTX2)在成神经管细胞瘤中扩增。OTX2的过表达后来被证实是某些髓母细胞瘤类型的原因[69］．

Fast - seqs(快速非整倍体筛选测试-测序系统)可以从整倍体样本中区分低至4%的21三体DNA。关键是简化文库的制备步骤，只需使用一个设计好的引物对来扩增感兴趣的重复区域，从而在提高吞吐量的同时控制成本[70］．FAST-SeqS有一个更新版本，称为modified FAST-SeqS (mFAST-SeqS)。与PARE等通过肿瘤组织测序来量化目标突变的方法不同，mFAST-SeqS是一种监测残留疾病或治疗反应的非靶向方法。与靶向方法能检测到低至0.01% ~ 0.5%的MAF相比，非靶向方法只能检测到MAF>10%。然而，非靶向方法不需要先验知识，可以开发全基因组拷贝数模式或评估突变谱[71，72］．

甲基化测序

癌症筛查不仅需要知道患者是否患有癌症，还需要找到癌变部位进行后续诊断和治疗。体细胞突变本身可能无法提供肿瘤部位的充分信息。表观遗传信息，如甲基化[73]或与ctDNA结合的蛋白质生物标志物[74]已被证明有助于在早期确定肿瘤的来源。当癌症的原发部位未知时，这种方法尤其有用。研究人员发现，来自甲基组数据的肿瘤和组织特异性模式可以帮助疾病分类[75，76］．研究表明，肝细胞癌肿瘤DNA的甲基化谱与匹配的血浆ctDNA高度相关[75]可用于鉴别乳腺癌、结肠癌、肝癌、肺癌的诊断和预后[77］．

甲基化测序技术通常在测序前有一个预处理步骤。除DNA转换外，预处理步骤的目的是富集和选择测序靶点以降低成本。例如，一些方案使用针对5-甲基胞嘧啶的免疫沉淀来允许低得多的输入DNA水平，同时保持高敏感性[73，78］．在其他一些情况下，甲基化敏感限制性内切酶被用于分析DNA甲基化变化[79，80］．

与DNA变异检测类似，甲基化变异的有限浓度在控制测序过程中引入的技术错误的同时，也对覆盖范围、成本和敏感性之间的平衡提出了巨大的挑战。人们提出了各种方法来解决这种权衡。例如，位点特异性技术，如甲基化特异性PCR [81]及methyllight [82]可达到较高的灵敏度。然而，它们只能为特定的DNA甲基化模式提供半定量信息。基于pcr的目标选择可以在较低的输入量下达到较高的精度[81，83］．然而，它不容易应用于全基因组水平。另一方面，由NGS促成的亚硫酸氢盐测序[61，84，85可以实现全基因组覆盖。采用像Padlock探针一样的亚硫酸氢盐测序可以丰富任意目标集[86]，而DREAMing可以检测超罕见的异质甲基化外等位基因变异[87］．

挑战

生物挑战

ctDNA高度碎片化，范围在100到10,000 bp之间。从血液中分离ctDNA进行定量具有挑战性，因为小片段很容易丢失或降解[88］．尽管ctDNA的浓度会随着肿瘤的分期和大小而增加，但血液中ctDNA的总百分比极低，对样品处理程序提出了很多要求。此外，ctDNA的浓度和稳定性可能受到cfDNA的形式、释放、降解和清除的影响[89］．到目前为止，很少有研究讨论ctDNA的清除率和生物学机制。目前的另一个重大障碍是缺乏生物学知识和实验证据来支持ctDNA与早期癌症发展之间的定量关系。病理证据很难找到。因为在使用ctDNA检测进行癌症筛查或早期检测时，对组织样本或癌症症状没有任何了解。在进一步推进液体活检的临床应用之前，我们仍然需要了解ctDNA的基础生物学。

面板设计

根据不同的目标寻找最优的生物标记(在大多数情况下，这是指基因突变)具有挑战性，这可能需要不同的测试，并提出不同的要求[22］．例如，筛查需要高灵敏度和高覆盖率，而监测将更多地关注给定突变的特异性。传统上，候选基因突变小组是根据有限的生物学或临床知识决定的。目前，生物信息学和生物统计学工具被广泛用于指导面板设计。资料来自COSMIC [90]或“癌症基因组图谱”[91]可以整合到癌症患者和健康对照组中，以寻找差异表达基因或癌症相关突变。然而，已发表的研究往往采用不同的方法选择突变面板，并且没有系统的标准如何选择最优组合。

最近，一些研究将ctDNA突变与蛋白质或甲基化等其他生物标志物结合起来，以提高整体敏感性。研究表明，ctDNA与蛋白质生物标志物的组合可以显著提高敏感性[17］．然而，很难找到其他生物标志物的最佳组合，以最大限度地提高整体检测性能。生物统计学方法使我们能够有效地识别生物标志物之间的关系，如相关模式，以指导面板选择。例如，一项研究表明，使用喀斯特四种蛋白质生物标志物的突变可使敏感性从30%增加到64%TP53提供了很少的改善面板，因为它是高度相关的喀斯特［74］．

样品处理

在最近的回顾中[92]，有人提出，分析前样品处理，包括样品的收集、处理、运输、处理和存储，对ctDNA检测的最终结果至关重要，因为它们会增加无细胞DNA的降解或增加污染。较小的DNA片段的恢复在ctDNA分析中尤为重要。为提高样品处理质量，研究了多种方法。例如，血浆已被证明是更好的ctDNA来源[93］．标准薰衣草顶管与抗凝血EDTA最适合样本采集[94，95］．总之，ctDNA分析前样品处理的标准操作程序对于获得更可靠和可比较的结果至关重要。然而，许多已发表的研究是回顾性研究，并使用了具有独特分析前程序的存档血清或血浆[96，97，98］．目前还不清楚这些变量将如何影响测试的准确性。

数据分析

ctDNA测序，特别是使用NGS，将产生大量的数据。此外，在疾病监测的背景下，将收集临床变量和结果的重复测量和测序数据。大数据量和复杂数据对统计分析提出了挑战。首先，研究人员需要在进行测试之前确定下限。然而，最佳检测下限可能会因ctDNA检测的预期用途而异，并且没有选择下限的标准标准[99］．一些文章发现ctDNA与肿瘤DNA高度一致，而另一些文章则不一致[One hundred.，101，102］．有人认为，不一致的结果可能取决于所采用的基因测试[One hundred.]除了生物源的变化。

另一个统计挑战是建立分类模型。由于与生物标记物的数量相比，样本量通常较小，因此选择最重要的生物标记物的子集有助于避免过拟合。在已发表的研究中，已使用不同的方法进行生物标志物选择和模型训练[17，75］．然而，有些程序是不适当的。例如，最常见的错误之一是使用所有数据进行模型训练和测试，这可能会导致偏差，并且看起来具有很高的准确性。虽然有许多模型选择方法可用，但如果没有适当的训练、测试、模型比较和诊断程序，结果可能是有偏差的和无效的。

第三个问题是如何整合来自不同资源的数据。这对于癌症筛查尤其具有挑战性，因为我们可以收集有关ctDNA测序、蛋白质和甲基化等其他生物标志物、人口数据、医疗记录、生活习惯等的纵向数据。结合现有信息有助于区分不同人群，提高诊断准确性。像CancerSEEK这样的模型同时使用突变数据和蛋白质数据来实现高分类精度[17］．CancerSEEK的一个缺点是，它将所有ctDNA突变数据转换为一个omega分数，并将其与其他蛋白质生物标志物数据一起放入模型中，而不是直接使用ctDNA突变中包含的所有信息。很少有方法可以构建这样一个模型，它可以集成不同的数据类型，使用适当选择的预测器跟踪随时间的变化，并最大限度地利用所有可用信息。

临床应用

为证明ctDNA的临床有效性和实用性，提出了两种范例[92］．首先，前瞻性临床试验可以作为一项独立的测试来检测ctDNA。或者，可以评估ctDNA和组织样本提供的信息，以比较它们的相似性。这两种范式都面临许多挑战，特别是在疾病筛查和早期诊断方面。对于第一个，由于上述讨论的样品处理问题，验证肿瘤负荷的定量分析在技术上具有挑战性。此外，绝对定量是很难获得的。大多数方法仅获得相对测度，鲜有研究进行跨平台比较。即使可以获得准确的测量，临床验证也需要包括健康人群和癌症患者在内的大规模前瞻性试验，以指导治疗和评估结果。

对于第二种范式，肿瘤组织与ctDNA之间的一致性在不同的研究中并不一致。大量研究表明，血浆突变状态与治疗应答率之间的相关性与肿瘤组织的相关性几乎相同[103，104，105，106，107，108］．然而，也有研究表明，疾病分期、肿瘤类型、肿瘤异质性等协变量以及变异是否为克隆或亚克隆都可以影响组织和血浆突变状态的一致性[21，92，109，110］．这些观察结果表明，尽管有必要建立组织和ctDNA之间的一致性，但直接将ctDNA突变图谱与癌症的临床测量相关联可能是另一种策略。最后但并非最不重要的是，人们担心癌症筛查带来的假阳性和过度诊断。有些患者不会出现症状，或者他们的肿瘤即使检测呈阳性也可能是良性的。液体活检所带来的好处是否超过了额外的费用和医疗压力，仍有待仔细研究[111］．

到目前为止，有许多基于液体活检的检测方法用于疾病检测、诊断、分析和治疗选择。其中一些药物已经用于癌症患者的商业治疗(表2)1)．然而，大多数关于液体活检的研究都是观察性的，其中一些研究缺乏健康对照。迄今为止，没有研究表明使用液体活检与标准护理监测方法相比有任何改善患者预后或医疗成本[92］．此外，很少有研究仅基于ctDNA检测引导的靶向治疗来评估治疗效果。以前的研究很少用于癌症筛查和早期诊断。然而，许多大规模的前瞻性研究正在进行中，以严格证明ctDNA检测的临床有效性和实用性。例如，在Illumina公司的支持下，一家名为GRAIL的公司计划启动SUMMIT研究，从高危人群中招募约5万名无癌症的参与者。他们的目标是开发一种负担得起的血液测试，以同时检测多种类型的癌症(表1)．

结论

到目前为止，ctDNA在癌症分类、监测、预后和治疗选择方面显示出许多有前景的结果。然而，利用ctDNA进行癌症筛查和早期发现仍有待解决。最大的挑战是血液中ctDNA的低浓度。尽管一些基于ngs的方案以许多不同的方式提高了ctDNA分析的灵敏度，但在灵敏度和成本之间的权衡仍然是实践中最大的问题。在未来，除了ctDNA之外的其他信息来源应该结合起来以提高敏感性和特异性。此外，将ctDNA测序应用于癌症筛查为我们提供了一个很好的机会来收集纵向数据，以创建更好的疾病分类模型。随着测序价格的持续下降，使用液体活检来预防和治疗癌症在未来很有希望。

数据和材料的可用性

不适用

缩写

CA:

碳水化合物抗原

CAPP-Seq:

通过深度测序进行个性化分析

cfDNA:

游离DNA

CNV:

拷贝数变体

COLD-PCR:

在较低变性温度下进行co -放大

宇宙:

癌症的体细胞突变目录

儿童权利公约:

结肠直肠癌

ctDNA:

循环肿瘤DNA

FAST-SeqS:

快速非整倍体筛选试验-测序系统

食品药品监督管理局:

美国食品和药物管理局

indel:

插入或删除

加:

突变等位基因片段

mFAST-SeqS:

修改FAST-SeqS

门店:

新一代测序

非小细胞肺癌:

非小细胞肺癌

OTX2:

正畸齿同源2

修:

对重新排列的端点进行个性化分析

PCR dPCR:

数字多聚酶链式反应

PCR TAm-seq:

标记扩增子深度测序

qPCR:

实时定量

Safe-SeqS:

Safe-Sequencing系统

SNP:

单核苷酸多态性

SNV:

单核苷酸变异

TCGA:

癌症基因组图谱

UID:

唯一标识符

韦斯:

Whole-exome-sequencing

WGS:

全基因组测序

参考文献

  1. 世界卫生组织。谁。癌症。2019。https://www.who.int/news-room/fact-sheets/detail/cancer，[2018年9月12日访问]。

  2. Blumen H, Fitch K, Polkus V.乳腺癌治疗费用的比较，按肿瘤分期和服务类型。Am健康药物益处。2016;9(1):23。

    PubMed公共医学中心谷歌学者

  3. Cipriano LE, Romanus D, Earle CC, Neville BA, Halpern EF, Gazelle GS, McMahon PM。1992年至2003年按疾病阶段和治疗方式分列的肺癌治疗费用，包括患者责任。价值健康，2011;14(1):41-52。

    PubMed公共医学中心文章谷歌学者

  4. 疾病控制和预防中心。如何预防或早期发现癌症:筛查试验。2019.https://www.cdc.gov /癌症/ dcpc / prevention / screening.htm,[2018年5月2日访问]。

  5. Kwapisz D.第一个液体活检测试被批准。非小细胞肺癌突变检测的新时代到来了吗?中华医学杂志，2017;5(3):46。

    PubMed公共医学中心文章谷歌学者

  6. Crowley E, Di Nicolantonio F, Loupakis F, Bardelli A.液体活检:监测血液中的癌症基因。中华临床医学杂志。2013;10(8):472。

    中科院PubMed文章谷歌学者

  7. 吉冈Y，小坂N，小西Y, Ohta H，冈本H, Sonoda H，野中R，山本H，石井H，森M，等。使用外筛对循环细胞外囊泡进行超灵敏液体活检。Nat Commun. 2014;5:35 591。

    PubMed文章中科院谷歌学者

  8. Pantel K, Alix-Panabières C.癌症患者的实时液体活检:事实还是虚构?中国癌症杂志，2013;33(21):684 - 8。

    中科院PubMed文章谷歌学者

  9. Labib M, Mohamadi RM, Poudineh M, Ahmed SU, Ivanov I, Huang C-L, Moosavi M, Sargent EH, Kelley SO。通过序列特异性纳米颗粒聚类和捕获的单细胞mrna细胞术。化学学报，2018;10(5):1。

    文章中科院谷歌学者

  10. 杨晓明，李丽娟，李丽娟，李丽娟。DNA活性释放与细胞凋亡的关系。临床化学学报，2001;36(1):1 - 4。

    中科院PubMed文章谷歌学者

  11. Siena S, Sartore-Bianchi A, Garcia-Carbonero R, Karthaus M, Smith D, Tabernero J, Van Cutsem E, Guan X, Boedigheimer M, Ang A，等。转移性结直肠癌基于全瘤单抗治疗的ii期临床试验中肿瘤演化的动态分子分析和临床相关性。中国科学，2017;29(1):119-26。

    公共医学中心文章谷歌学者

  12. Wan JCM, Massie C, Garcia-Corbacho J, Mouliere F, Brenton JD, Caldas C, Pacey S, Baird R, Rosenfeld N.液体活检成熟:实现循环肿瘤DNA。中华癌症杂志，2017;17(4):223。

    中科院PubMed文章谷歌学者

  13. 王晓明，王晓明，王晓明，等。血浆DNA浓度在乳腺癌筛查中的应用。中国临床生化杂志，2015;30(1):55-8。

    中科院PubMed文章谷歌学者

  14. Lehmann-Werman R, Neiman D, Zemmour H, Moss J, Magenheim J, Vaknin-Dembinsky A, Rubertsson S, Nellgård B, Blennow K, Zetterberg H，等。利用循环DNA的甲基化模式鉴定组织特异性细胞死亡。自然科学进展，2016;26(3):344 - 344。

    中科院PubMed文章公共医学中心谷歌学者

  15. Abbosh C, Birkbak NJ, Wilson GA, Jamal-Hanjani M, Constantin T, Salari R, Le Quesne J, Moore DA, Veeriah S, Rosenthal R，等。系统发育ctDNA分析描述早期肺癌的进化。大自然。2017;545(7655):446。

    中科院PubMed公共医学中心文章谷歌学者

  16. Phallen J，索森M, Adleff V, Leal A, Hruban C, White J, Anagnostou V, Fiksel J, Cristiano S, Papp E，等。利用循环肿瘤DNA直接检测早期癌症。中国生物医学工程学报，2017;29(3):344 - 344。

    PubMed文章中科院公共医学中心谷歌学者

  17. Cohen JD, Li L, Wang Y, Thoburn C, Afsari B, Danilova L, Douville C, Javed AA, Wong F, Mattox A，等。多分析物血液检测可手术切除癌症的检测和定位。科学。2018;359 (6378):eaar3247。

    文章中科院谷歌学者

  18. Donaldson J, Park BH。循环肿瘤DNA的测定与临床应用。安Rev Med 2018; 69:223-34。

    中科院PubMed文章谷歌学者

  19. 毛丽萍，李志强，李志强，李志强，等。痰中癌基因突变对肺癌诊断的影响。癌症决议1994;54(7):1634-7。

    中科院PubMed谷歌学者

  20. Gormally E, Vineis P, Matullo G, Veglia F, Caboux E, Le Roux E, Peluso M, Garte S, Guarrera S, Munnia A，等。健康受试者血浆DNA中的Tp53和kras2突变与随后的癌症发生:一项前瞻性研究癌症决议2006;66(13):6871-6。

    中科院PubMed文章谷歌学者

  21. 高甘内扎德，M乌默尔，MN伊斯兰，阮宁涛，Shiddiky MJA。循环肿瘤DNA和液体活检:检测技术的机遇、挑战和最新进展。实验室芯片。2018;18(8):1174-96。

    中科院PubMed文章谷歌学者

  22. Ossandon MR, Agrawal L, Bernhard EJ, Conley BA, Dey SM, Divi RL, Guan P, Lively TG, McKee TC, Sorg BS，等。循环肿瘤DNA在临床癌症研究中的应用。中华肿瘤学杂志，2018;11(9):929-34。

    PubMed公共医学中心文章中科院谷歌学者

  23. Church TR, Wandell M, Lofton-Day C, Mongin SJ, Burger M, Payne SR, Castaños-Vélez E, Blumenstein BA, Rösch T, Osborn N，等。血浆甲基化9在无症状结直肠癌检测中的前瞻性评价。肠道。2013;63(2):317 - 25所示。

    PubMed文章中科院谷歌学者

  24. 9月9日:结直肠癌的特异性循环生物标志物。中国生物医学工程学报，2015;

    中科院PubMed文章谷歌学者

  25. 宋玲，贾娟，彭霞，肖伟，李艳。sept9基因甲基化检测的性能及其与其他crc筛查试验的比较:一项荟萃分析。科学通报2017;7(1):3032。

    PubMed公共医学中心文章中科院谷歌学者

  26. Diehl F, Schmidt K, Choti MA, Romans K, Goodman S, Li M, Thornton K, Agrawal N, Sokoll L, Szabo SA，等。循环突变DNA以评估肿瘤动态。中华外科杂志，2008;14(9):985。

    中科院PubMed文章谷歌学者

  27. 欧洲药品管理局。教育津贴。特罗凯》2018。https://www.ema.europa.eu/en/medicines/human/EPAR/tarceva，[2018年7月27日访问]。

  28. 美国食品及药物管理局。上市前批准P150044 Cobas EGFR突变TEST V2。2018.https://www.accessdata.fda.gov/scripts/cdrh/cfdocs/cfpma/pma.cfm?id=P150044,[2018年7月27日访问]。

  29. Goldberg SB, Narayan A, Kole AJ, Decker RH, Teysir J, Carriero NJ, Lee A, Nemati R, Nath SK, Mane SM，等。通过循环肿瘤DNA对肺癌免疫治疗反应的早期评估。临床癌症杂志2018;24(8):1341。

    文章中科院谷歌学者

  30. Reinert T, Schøler LV, Thomsen R, Tobiasen H, Vang S, Nordentoft I, Lamy P, Kannerup A-S, Mortensen FV, Stribolt K, Hamilton-Dutoit S, Nielsen HJ, Laurberg S, Pallisgaard N, Pedersen JS， Ørntoft TF, Andersen CL。分析循环肿瘤DNA以监测结直肠癌手术后疾病负担。肠道。2016;65(4):625 - 34。

    中科院PubMed文章谷歌学者

  31. Lecomte T, Berger A, Zinzindohoué F, Micard S, Landi B, Blons H, Beaune P, Cugnenc P-H, Laurent-Puig P.结直肠癌患者血浆中自由循环肿瘤相关DNA的检测及其与预后的关系。中华癌症杂志，2002;10(5):542-8。

    中科院PubMed文章谷歌学者

  32. 刘志刚，刘志刚，刘志刚，刘志刚。人结直肠癌移植小鼠循环DNA的来源和定量研究。中国生物医学工程学报，2010;38(18):6159-75。

    中科院PubMed公共医学中心文章谷歌学者

  33. Bettegowda C, Sausen M, Leary RJ, Kinde I, Wang Y, Agrawal N, Bartlett BR, Wang H, Luber B, Alani RM，等。早期和晚期人类恶性肿瘤循环肿瘤DNA的检测。中国生物医学工程学报，2014;26(2):344 - 344。

    PubMed公共医学中心文章中科院谷歌学者

  34. Haque IS, Elemento O.使用ctDNA实现癌症早期检测的挑战。bioRxiv。2017年,237578年。

  35. 公司。圣杯。summit研究，2018。https://grail.com/clinical-studies/summit-study/，[2019年2月21日访问]。

  36. 公司。Guardant健康。早期探测月球2号。2018.https://guardanthealth.com/solutions/#lunar-2，[2019年2月21日访问]。

  37. Freenome。临床研究。2019.https://www.freenome.com/clinicalstudies[2019年2月21日访问]。

  38. 公司。Biocept。Target Selector™ctDNA EGFR试剂盒2019.https://biocept.com/egfr-kit/，[2019年2月21日访问]。

  39. Inivata。我们的产品。2019.https://www.inivata.com/our-products/,[2019年2月21日访问]。

  40. 公司。Cynvenio生物系统。LiquidBiopsy®平台，2019。https://www.cynvenio.com/instrumentation,[2019年2月21日访问]。

  41. CellMax生活。FirstSightCRC。2019.https://cellmaxlife.com/test-firstsight-crc/，[2019年2月21日访问]。

  42. 外来体诊断。我们的诊断:为患者。2019.http://www.exosomedx.com/patients,[2019年2月21日访问]。

  43. 公司。Biodesix。基因组血液测试。2019.https://www.biodesix.com/products/biodesix-lung-reflex/genestrat-2/,[2019年2月21日访问]。

  44. 公司。个人基因组诊断。液体活检。2019.https://www.personalgenome.com/cap-clia，[2019年2月21日访问]。

  45. 崔松，程震，秦伟，姜林。外泌体在肺癌液体活检中的应用。肺癌。2018;116:46-54。

    PubMed文章谷歌学者

  46. Köhn L, Johansson M, Grankvist K, Nilsson J.肺癌的液体活检?是时候在日常护理中实施研究技术了?中华医学杂志，2017;5(13):278。

    PubMed公共医学中心文章中科院谷歌学者

  47. Sorber L, Zwaenepoel K, Deschoolmeester V, Van Schil PEY, Van Meerbeeck J, Lardon F, Rolfo C, Pauwels P.循环无细胞核酸和血小板作为液体活检在肺癌患者提供个性化治疗中的应用。肺癌。2017;107:100-7。

    中科院PubMed文章谷歌学者

  48. ssantig, Angell R, Nickless G, Quinn A, Herbert A, Cane P, Spicer J, Breen R, McLean E, Tobal K.非小细胞肺癌经支气管针抽吸物中egfr和kras基因突变的冷pcr检测。公共科学学报，2011;6(9):e25191。

    中科院PubMed公共医学中心文章谷歌学者

  49. Castellanos-Rizaldos E, Liu P, Milbury CA, Guha M, Brisci A, Cremonesi L, Ferrari M, Mamon H, Makrigiorgos GM.耐温冷-pcr消除了温度严格性，实现了稳健的突变富集。临床化学杂志，2012;58(7):1130-8。

    中科院PubMed公共医学中心文章谷歌学者

  50. Pérez-Callejo D, Romero A, Provencio M, Torrente M.基于液体活检的生物标志物在非小细胞肺癌中的诊断和治疗监测。Transl Lung Cancer res 2016;5(5):455。

    PubMed公共医学中心文章中科院谷歌学者

  51. Narayan A, Carriero NJ, Gettinger SN, Kluytenaar J, Kozak KR, Yock TI, Muscato NE, Ugarelli P, Decker RH, Patel AA。使用误差抑制的多路深度测序技术对血液中肿瘤DNA热点突变的超灵敏测量。癌症研究，2012;72(14):3492-8。

    中科院PubMed公共医学中心文章谷歌学者

  52. Newman AM, Lovejoy AF, Klass DM, Kurtz DM, Chabon JJ, Scherer F, Stehr H, Liu CL, Bratman SV, Say C，等。集成数字误差抑制改进循环肿瘤DNA检测。中国生物工程学报。2016;34(5):547。

    中科院PubMed公共医学中心文章谷歌学者

  53. 王晓明，杨晓明，王晓明，王晓明，等。DNA分子荧光磁粒子的遗传变异检测与计数研究。自然科学进展，2003;21(3):344 - 344。

    中科院PubMed文章公共医学中心谷歌学者

  54. 莫斯科MJ, Nakorchevsky AA, Flores E, Metzler H, Ehrich M, van den Boom DJ, Sherwood JL, Nygren AOH。利用maldi-tof质谱超灵敏检测多重体细胞突变。Mol诊断杂志，2016;18(1):23-31。

    中科院PubMed文章谷歌学者

  55. Baer C, Kern W, Koch S, Nadarajah N, Schindela S, Meggendorfer M, Haferlach C, Haferlach t超深度测序可更早、更敏感地检测慢性髓系白血病中酪氨酸激酶抑制剂耐药突变t315i。Haematologica。2016;101(7):830 - 8。

    中科院PubMed公共医学中心文章谷歌学者

  56. Forshew T, Murtaza M, Parkinson C, Gale D, Tsui DWY, Kaper F, Dawson S-J, Piskorz AM, Jimenez-Linan M, Bentley D，等。通过血浆DNA的靶向深度测序，无创识别和监测癌症突变。中国生物医学工程学报，2012;

    PubMed文章中科院谷歌学者

  57. Gale D, Lawson ARJ, Howarth K, Madi M, Durham B, Smalley S, Calaway J, Blais S, Jones G, Clark J，等。开发了一种高灵敏度的液体活检平台，用于检测无细胞DNA中低等位基因部分的临床相关癌症突变。PloS one。2018; 13 (3): e0194630。

    PubMed公共医学中心文章中科院谷歌学者

  58. 金德I，吴娟，Papadopoulos N, Kinzler KW, Vogelstein B.基于大规模并行测序的罕见突变检测与定量。中国生物医学工程学报，2011;29(3):344 - 344。

    文章谷歌学者

  59. Jeanne T, Kinde I, Wang Y, Wong HL, Roebert J, Christie M, Tacey M, Wong R, Singh M, Karapetis CS，等。循环肿瘤DNA作为转移性结直肠癌患者治疗反应的早期标志物。南京大学学报:自然科学版，2015;26(8):1715-22。

    文章谷歌学者

  60. Chabon JJ, Simmons AD, Lovejoy AF, Esfahani MS, Newman AM, Haringsma HJ, Kurtz DM, Stehr H, Scherer F, Karlovich CA，等。循环肿瘤DNA分析揭示肺癌患者egfr抑制剂耐药机制的异质性。Nat Commun. 2016;7:11815。

    中科院PubMed公共医学中心文章谷歌学者

  61. Newman AM, Bratman SV, Jacqueline To, Wynne JF, Eclov NCW, Modlin LA, Liu CL, Neal JW, Wakelee HA, Merritt RE，等。一种用于广泛患者覆盖的循环肿瘤DNA定量的超灵敏方法。中华外科杂志，2014;20(5):548。

    中科院PubMed公共医学中心文章谷歌学者

  62. 赛默飞世尔科技公司。离子AmpliSeq面板。2019。https://www.thermofisher.com/us/en/home/life-science/sequencing/next-generation-sequencing/ion-torrent-next-generation-sequencing-workflow/ion-torrent-next-generation-sequencing-select-targets/ampliseq-target-selection.html?SID=fr-ampliseqod-main，[访问2019年2月07日]。

  63. Rothé F, Laes J-F, Lambrechts D, Smeets D, Vincent D, Maetens M, Fumagalli D, Michiels S, Drisis S, Moerman C，等。血浆循环肿瘤DNA作为乳腺癌转移性活检突变分析的替代方法。杨晓明。2014;25(10):1959-65。

    PubMed文章谷歌学者

  64. Lebofsky R, Decraene C, Bernard V, Kamal M, Blin A, Leroy Q, Frio TR, Pierron G, Callens C, Bieche I，等。在所有肿瘤类型的前瞻性试验中，循环肿瘤DNA作为肿瘤基因分型和个体化治疗转移活检的非侵入性替代品。中国生物医学杂志，2015;9(4):783-90。

    中科院PubMed文章谷歌学者

  65. Guttery DS, Page K, Hills A, Woodley L, Marchese SD, Rghebi B, Hastings RK, Luo J, Pringle JH, Stebbing J，等。雌激素受体阳性转移性乳腺癌中激活雌激素受体1 (esr1)突变的无创检测临床化学杂志，2015;61(7):974-82。

    中科院PubMed文章谷歌学者

  66. Leary RJ, Kinde I, Diehl F, Schmidt K, Clouser C, Duncan C, Antipova A, Lee C, McKernan K, Francisco M，等。利用大规模并行测序开发个性化肿瘤生物标志物。医学翻译科学，2010;2(20):20ra14。

    PubMed公共医学中心文章中科院谷歌学者

  67. Leary RJ, Sausen M, Kinde I, Papadopoulos N, Carpten JD, Craig D, O 'shaughnessy J, Kinzler KW, Parmigiani G, Vogelstein B，等。全基因组测序检测癌症患者血液循环中的染色体改变。中国生物医学工程学报，2012;29(4):344 - 344。

    PubMed公共医学中心文章中科院谷歌学者

  68. 王婷玲，麦尔霍费尔C，斯派彻MR，伦格尔C，沃格尔斯坦B，金兹勒KW，韦库莱斯库VE。数字核型分析。自然科学进展，2002;29(3):344 - 344。

    中科院PubMed文章公共医学中心谷歌学者

  69. 布恩K，埃伯哈特CG，里金斯GJ。成神经管细胞瘤中正尖状同源物2的基因组扩增。癌症杂志2005;65(3):703-7。

    中科院PubMed谷歌学者

  70. Kinde I, Papadopoulos N, Kinzler KW, Vogelstein B. Fast-seqs:一种通过大规模并行测序检测非整倍体的简单高效方法。PloS one。7 (7): 2012; e41162。

    中科院PubMed公共医学中心文章谷歌学者

  71. Belic J, Koch M, Ulz P, Auer M, Gerhalter T, Mohan S, Fischereder K, Petru E, Bauernhofer T, Geigl JB，等。通过改进的fast-seqs方法快速鉴定ctDNA水平增加的血浆DNA样本。临床化学杂志，2015;61(6):838-49。

    中科院PubMed文章谷歌学者

  72. Belic J, Koch M, Ulz P, Auer M, Gerhalter T, Mohan S, Fischereder K, Petru E, Bauernhofer T, Geigl JB，等。mfast-seqs作为血浆DNA肿瘤特异性非整倍体的监测和预筛选工具。血清和血浆中的环状核酸- cnaps IX。2016; 924:147-55施普林格。

    中科院文章谷歌学者

  73. 沈珊珊，Singhania R, Fehringer G, Chakravarthy A, Roehrl MHA, Chadwick D, Zuzarte PC, Borgida A，王婷婷，李婷，等。使用无浆细胞DNA甲基化组进行敏感肿瘤检测和分类。大自然。2018;563(7732):579。

    中科院PubMed文章谷歌学者

  74. Cohen JD, Javed AA, Thoburn C, Wong F, Tie J, Gibbs P, Schmidt CM, yipschneider MT, Allen PJ, Schattner M，等。结合循环肿瘤DNA和蛋白质生物标志物为基础的液体活检早期检测胰腺癌。中国科学(自然科学版)2017;

    谷歌学者

  75. 徐荣华，魏伟，Krawczyk M，王伟，罗华，Flagg K，易S，石伟，全青，李凯，等。循环肿瘤DNA甲基化标志物在肝细胞癌诊断和预后中的应用。大学学报，2017;16(11):1155。

    中科院PubMed文章谷歌学者

  76. 郭松，叶东，冯海林，张凯，张凯，等。中国科学。2017;49(4):635。

    中科院PubMed公共医学中心文章谷歌学者

  77. 郝欣，罗华，Krawczyk M，魏伟，王伟，王杰，Flagg K，侯杰，张宏，易松，等。Dna甲基化标记在常见癌症诊断和预后中的应用。中国科学:自然科学，2017;29(4):344 - 344。

    中科院PubMed文章公共医学中心谷歌学者

  78. Taiwo O, Wilson GA, Morris T, Seisenberger S, Reik W, Pearce D, Beck S, Butcher LM。使用低DNA浓度的medip-seq进行甲基组分析。网络学报。2012;7(4):617。

    中科院PubMed文章谷歌学者

  79. bekircher G, pper W, Hofner M, Noehammer C, Weinhaeusel A.甲基化敏感限制性内切酶“msre-qpcr”的多重敏感DNA甲基化检测。In: DNA甲基化方案:施普林格;2018.407 - 24页。

  80. 李志强，李志强，李志强，Sölétormos G.转移性乳腺癌患者血清中高甲基化rassf1a的检测与监测。临床表观遗传学。2016;8(1):35。

    PubMed公共医学中心文章中科院谷歌学者

  81. Herman JG, Graff JR, Myöhänen SBDN, Nelkin BD, Baylin SB.甲基化特异性pcr:一种检测cpg岛甲基化状态的新pcr方法。自然科学进展，1996;29(3):344 - 344。

    中科院PubMed文章公共医学中心谷歌学者

  82. Eads CA, Danenberg KD, Kawakami K, Saltz LB, Blake C，柴田D, Danenberg PV，莱尔德PW。甲基光:一种高通量测定DNA甲基化的方法。核酸研究，2000;28(8):e32-00。

    中科院PubMed公共医学中心文章谷歌学者

  83. Bibikova M, Lin Z, Zhou L, Chudin E, Garcia EW, Wu B, Doucet D, Thomas NJ, Wang Y, Vollmer E，等。使用通用珠阵列的高通量DNA甲基化分析。基因组学报，2006;16(3):383-93。

    中科院PubMed公共医学中心文章谷歌学者

  84. Taylor KH, Kramer RS, Davis JW, Guo J, Duff DJ, Xu D, Caldwell CW, Shi H.超深亚硫酸氢盐测序454测序分析多个基因启动子DNA甲基化模式。癌症决议2007;67(18):8511-8。

    中科院PubMed文章谷歌学者

  85. Meissner A, Gnirke A, Bell GW, Ramsahoye B, Lander ES, Jaenisch R.还原亚硫酸盐测序用于比较高分辨率DNA甲基化分析。核酸研究，2005;33(18):5868-77。

    中科院PubMed公共医学中心文章谷歌学者

  86. 邓杰，Shoemaker R，谢波，Gore A, LeProust EM, Antosiewicz-Bourget J, Egli D, Maherali N, Park I-H, Yu J，等。定向亚硫酸氢盐测序揭示了与核重编程相关的DNA甲基化变化。生物技术学报。2009;27(4):353。

    中科院PubMed公共医学中心文章谷歌学者

  87. Pisanic TR, Athamanolap P, Poh W, Chen C, Hulbert A, Brock MV, Herman JG, Wang T-H。做梦:一种直接从液体活检中评估肿瘤内表观遗传异质性的简单和超灵敏的方法。核酸研究，2015;43(22):e154。

    PubMed公共医学中心文章中科院谷歌学者

  88. Sedlackova T, Repiska G, Celec P, Szemes T, Minarik G. DNA碎片影响常用DNA定量方法的准确性。生物工程学报。2013;15(1):5。

    中科院PubMed公共医学中心文章谷歌学者

  89. Thakur BK, Zhang H, Becker A, Matei I, Huang Y, Costa-Silva B, Zheng Y, Hoshino A, Brazier H, Xiang J，等。外泌体中的双链DNA:癌症检测中的一种新型生物标志物。细胞科学，2014;24(6):766。

    中科院PubMed公共医学中心文章谷歌学者

  90. Forbes SA, Bindal N, Bamford S, Cole C, Kok CY, Beare D, Jia M, Shepherd R, Leung K, Menzies A，等。宇宙:在癌症体细胞突变目录中挖掘完整的癌症基因组。核酸研究，2010;39(增刊1):D945-50。

    PubMed公共医学中心谷歌学者

  91. Tomczak K, czerwizynska P, Wiznerowicz M.癌症基因组图谱(TCGA):不可估量的知识来源。中国生物医学工程学报。2015;19(1A):A68。

    谷歌学者

  92. Merker JD, Oxnard GR, Compton C, Diehn M, Hurley P, Lazar AJ, Lindeman N, Lockwood CM, Rai AJ, Schilsky RL，等。癌症患者循环肿瘤DNA分析:美国临床肿瘤学会和美国病理学家学院联合综述。中国病原学杂志，2018;42(10):1242-53。

    PubMed文章谷歌学者

  93. 赵红，陈克泽，惠伯刚，张凯，杨峰，王杰。循环肿瘤DNA在早期肺癌治疗中的作用。胸部肿瘤。2018;9(5):509-15。

    中科院PubMed公共医学中心文章谷歌学者

  94. Kang Q, Henry NL, Paoletti C, Jiang H, Vats P, Chinnaiyan AM, Hayes DF, Merajver SD, Rae JM, Tewari M.循环肿瘤DNA在k3edta、stk和cellsave采血管中的稳定性比较。临床生化杂志，2016;49(18):1354-60。

    中科院PubMed文章谷歌学者

  95. 林妮玲，蔡文华，赵瑞伟，罗宇德。Edta是一种比肝素或柠檬酸盐更好的抗凝剂，用于血浆DNA分析的延迟血液处理。临床化学杂志，2004;50(1):256-7。

    中科院PubMed文章谷歌学者

  96. 临床癌症杂志2016;22(22):5480-6。

    中科院PubMed文章公共医学中心谷歌学者

  97. 王蓉，李霞，张宏，王凯，何娟。乳腺癌游离循环肿瘤DNA分析及其作为生物标志物的临床应用。Oncotarget。2017;8(43):75742。

    PubMed公共医学中心谷歌学者

  98. Vandeputte C, Kehagias P, El Housni H, Ameye L, Laes J-F, Desmedt C, Sotiriou C, Deleporte A, Puleo F, Geboes K，等。循环肿瘤DNA在多激酶抑制剂治疗晚期结直肠癌的早期反应评估和监测。Oncotarget。2018;9(25):17756。

    PubMed公共医学中心文章谷歌学者

  99. Dawson S-J, Tsui DWY, Murtaza M, Biggs H, Rueda OM, Chin S-F, Dunning MJ, Gale D, Forshew T, Mahler-Araujo B，等。循环肿瘤DNA分析监测转移性乳腺癌。中华医学杂志(英文版);2013;

    中科院文章谷歌学者

  100. Kuderer NM, Burton KA, Blau S, Rose AL, Parker S, Lyman GH, Blau CA.肿瘤学中2个商用下一代测序平台的比较。中国医学杂志，2017;3(7):996-8。

    PubMed文章谷歌学者

  101. Wyatt AW, Annala M, Aggarwal R, Beja K, Feng F, Youngren J, Foye A, Lloyd P, Nykter M, Beer TM，等。前列腺癌循环肿瘤DNA和匹配的转移组织活检的一致性。中华肿瘤学杂志，2017;11(1):78-86。

    谷歌学者

  102. 郭强，王娟，肖娟，林伟，胡鑫，余伟，宋刚，楼杰，陈建峰。肿瘤组织和循环肿瘤DNA的异质突变模式需要平行ngs组检测。中华肿瘤杂志，2018;17(1):131。

    PubMed公共医学中心文章中科院谷歌学者

  103. Mok TS, Wu yl, Ahn M-J, Garassino MC, Kim HR, Ramalingam SS, Shepherd FA, He Y, Akamatsu H, Theelen WSME，等。奥西替尼或培美曲塞铂治疗egfr t790m阳性肺癌。新英格兰医学杂志，2017;36(7):629-40。

    中科院文章谷歌学者

  104. Douillard J- y, Ostoros G, Cobo M, Ciuleanu T, Cole R, McWalter G, Walker J, Dearden S, Webster A, Milenkova T，等。吉非替尼治疗egfr突变的白种人非小细胞肺癌:无循环肿瘤DNA作为egfr状态测定的替代品。中国生物医学工程学报。2014;9(9):1345-53。

    中科院文章谷歌学者

  105. Jean-Yves D, Ostoros G, Cobo M, Ciuleanu T, McCormack R, Webster A, Milenkova T.一线吉非替尼治疗白种人egfr突变阳性nsclc:一项iv期、开放标签、单组研究中华肿瘤学杂志，2014;11(1):55。

    文章中科院谷歌学者

  106. Oxnard GR, Thress KS, Alden RS, Lawrance R, Paweletz CP, Cantarini M, Yang JC- h, Barrett JC, Jänne PA。血浆基因分型与晚期非小细胞肺癌奥西替尼(azd9291)治疗结果的相关性中华临床肿瘤学杂志，2016;34(28):3375。

    中科院PubMed公共医学中心文章谷歌学者

  107. 景长文，王震，曹红霞，马锐，吴建忠。非小细胞肺癌患者福尔马林固定石蜡包埋组织和血浆游离DNA中表皮生长因子受体突变的高分辨率熔融分析中华癌症杂志，2013;14(11):6619-23。

    文章谷歌学者

  108. 李郭N,卢F,王敏,J,杨B,陈W H,张jb,赵我,吴W-J et al。肺癌患者术前、术后循环肿瘤DNA检测。科学通报2016;6:33519。

    中科院PubMed公共医学中心文章谷歌学者

  109. Condello V, Macerola E, Ugolini C, De Napoli L, Romei C, Materazzi G, Elisei R, Basolo F.循环肿瘤DNA分析不能改善局部晚期和转移性甲状腺乳头状癌患者的临床管理。头颈。2018;40(8):1752-8。

    PubMed谷歌学者

  110. 陈凯，张娟，关涛，杨峰，楼峰，陈伟，赵敏，张娟，陈松，王娟。非小细胞肺癌手术患者血浆-组织DNA突变的比较。中华胸心外科杂志，2017;29(3):344 - 344。

    中科院PubMed文章谷歌学者

  111. 国家肺筛查试验研究小组。低剂量ct筛查降低肺癌死亡率。新英格兰医学杂志，2011;36(5):395-409。

    文章谷歌学者

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  1. 耶鲁大学公共卫生学院生物统计系，美国康涅狄格州纽黑文

    陈明，赵宏宇

作者
  1. 明陈
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  2. 宏宇赵
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贡献

MC是撰写这篇评论的主要贡献者。HZ大幅修改了评论。所有作者都阅读并批准了手稿的最终审查。

相应的作者

对应到明陈．

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不适用

相互竞争的利益

作者宣称他们之间没有利益冲突。

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引用本文

陈敏，赵辉。下一代液体活检测序:癌症筛查和早期发现。哼基因组学13， 34(2019)。https://doi.org/10.1186/s40246-019-0220-8

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关键字

  • 液体活检
  • 新一代测序
  • 癌症筛查
  • 早期检测

人类基因组学

ISSN: 1479 - 7364

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