坦迪·沃诺和史蒂文·萨尔茨伯格编辑
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简单、实用、完整O
使用四俄加速的RNA折叠时间算法
计算预测RNA分子的二级结构(或折叠)的问题在三十多年前首次提出，但仍然是一个活跃的研究和发展领域。
引用:
分子生物学算法20105：13
WABI 09论文精选
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简单、实用、完整O
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FlexSnap:灵活的非顺序蛋白质结构比对
蛋白质在稳定和灵活的能量选择压力下进化。经过构象变化的蛋白质之间的结构相似性可以被有效地捕获，如果…
引用: 分子生物学算法20105: 12 -
用于分析基因组中缺失和反转的片段重复的有效算法
片段复制或低复制重复在哺乳动物基因组中很常见。在人类基因组中，大多数片段复制是由多个重复片段组成的马赛克。这个复杂的基因组器官…
引用: 分子生物学算法20105: 11 -
代谢途径的马尔可夫分类模型
本文考虑通过与特定生物反应相关的代谢网络识别途径的问题。我们提出的模型HME3M首先识别了频繁穿越的网络路径……
引用: 分子生物学算法20105: 10 -
一种基于树的化学指纹快速筛选方法
分子的指纹是基于其结构的位串，结构相似的分子会有相似的指纹。分子指纹可用于初始阶段…
引用: 分子生物学算法20105: 9 -
基于SMIDGen的超级树与组合分析方法的仿真比较研究
超级树方法包括一种重建给定多标记数据集的大分子系统发育的方法:在每个标记上估计树，然后在输入上组合成树(“超级树”)。
引用: 分子生物学算法20105：8 -
线性时间蛋白质三维结构的插入和删除搜索
如果两个生物分子的三维坐标序列之间的RMSD(均方根偏差)小于或等于某个给定的常数界，则可以认为这两个生物分子的三维结构相似。工具……
引用: 分子生物学算法20105: 7 -
反向翻译用于在移码突变的情况下发现遥远的蛋白质同源性
蛋白质编码DNA序列中的移码突变会导致最终蛋白质序列的巨大变化，这阻止了经典的蛋白质比对方法揭示蛋白质的共同起源。铁道部……
引用: 分子生物学算法20105：6 -
RNA-RNA相互作用的快速预测
调节性反义rna是一类通过与目标序列建立稳定的相互作用来禁止mRNA翻译来调节基因表达的ncrna。对…有很大的需求。
引用: 分子生物学算法20105: 5 -
含羞草:共表达的混合模型检测调控相互作用的调节器
功能相关基因倾向于在多种条件和/或组织类型的表达模式中相关。因此，共表达网络常用于研究基因的功能群。
引用: 分子生物学算法20105：4 -
系统发育比较组装
最近的高通量测序技术能够为细菌基因组测序项目产生大量的数据。虽然当前的序列汇编程序成功地合并了重叠的…
引用: 分子生物学算法20105: 3 -
构建多数决定的超级树
超级树方法将来自多个部分重叠树的系统发育信息组合成一个更大的系统发育树，称为超级树。提出了几种建造超级树的方法。
引用: 分子生物学算法20105：2 -
利用网络进化模型和基因历史精炼转录调节网络
转录调控网络的计算推理仍然是一个具有挑战性的问题，部分原因是缺乏强大的网络模型。在这篇论文中，我们提出了进化的方法来改善i…
引用: 分子生物学算法20105：1