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微生物生物学

特殊的问题

花椰菜调整大小©由Gary Borisy提供，并经PNAS许可转载。

客座编辑:Rob Knight, Ruth Ley, Elizabeth Grice, Jeroen Raes

基因组生物学和BMC生物学我们很高兴推出微生物组生物学特刊。

微生物组研究正在帮助我们了解微生物生命对我们自己和我们赖以生存的星球的普遍影响。测序、蛋白质组学和代谢组学技术以及分析和计算工具的最新进展，正在对微生物群落的生物学及其对周围环境和宿主的影响产生有价值的见解。因此，微生物组研究整合了微生物学、基因组学、生物信息学、细胞和发育生物学以及健康和医学等不同领域。

这期特刊捕捉了在一个已经渗透到传统生命科学领域并改变了我们对有机生物学的看法的研究领域所取得的一些进展。

在接下来的几个月里，研究、方法论、评论和评论文章将出现在该合集中。


  1. 帕金森病(PD)是一种全身性疾病，临床定义为大脑多巴胺能神经元变性。虽然在PD中报道了肠道微生物组组成的改变，但他们的f…

    作者: Federico Baldini, Johannes Hertel, Estelle Sandt, Cyrille C. Thinnes, Lorieza neuberg - castillo, Lukas Pavelka, Fay Betsou, Rejko Krüger和Ines Thiele
    引用: BMC生物学202018: 62
    内容类型:研究文章 发表于:

  2. 许多微生物制剂都被认为是癌症发生和发展的贡献者，对识别和表征新的癌症相关生物的研究正在进行中。方法的现代发展…

    作者: 苏米德·赛义德·曼佐尔，安妮米克·多登斯和迈克尔·b·伯恩斯
    引用: 基因组生物学202021: 131
    内容类型:审查 发表于:

  3. 对准确快速的宏基因组分类器的需求越来越大，不仅可以识别细菌，还可以识别微生物群落的所有成员。我们在读映射中使用了一个最近开发的概念…

    作者: 瓦妮莎·r·马塞利诺、菲利普·t·l·c·克劳森、简·p·布克曼、米歇尔·威尔、乔纳森·r·伊雷德尔、维兰德·迈耶、奥勒·伦德、塔尼亚·c·索雷尔和爱德华·c·霍姆斯
    引用: 基因组生物学202021: 103
    内容类型:软件 发表于:

  4. 宏基因组学研究利用基因组参考数据库在基础科学和转化研究中产生发现。然而，目前的微生物研究使用不同的参考数据库，缺乏可靠的参考数据。

    作者: Caitlin Loeffler, Aaron Karlsberg, Lana S. Martin, Eleazar Eskin, David Koslicki和Serghei Mangul
    引用: BMC生物学202018: 37
    内容类型:评论 发表于:

    的对本文的更正已发表于BMC生物学202018: 92

  5. 土壤环境负责维持大多数陆生植物的生命，但我们对土壤中各种微生物群落的重要功能所知甚少。土壤中的微生物……

    作者: 周毅，David R. Coventry, Vadakattu V. S. R. Gupta, David Fuentes, Andrew Merchant, Brent N. Kaiser，李继顺，魏延丽，刘欢，王亚玉，甘树恒和Matthew D. Denton
    引用: 基因组生物学202021: 89
    内容类型:研究 发表于:

  6. 肠道上皮细胞如何与微生物群相互作用以及如何在基因表达水平上进行调节是关键问题。Smarcad1是一个保守的染色质重塑因子，具有较差的修饰性。

    作者: Juri Kazakevych, Jérémy Denizot, Anke Liebert, Mariana Portovedo, Mia Mosavie, Payal Jain, Claudia Stellato, Claire Fraser, Renan Oliveira Corrêa, Marina Célestine, Raphaël Mattiuz, Hanneke Okkenhaug, J. Ross Miller, Marco Aurélio Ramirez Vinolo, Marc Veldhoen和Patrick Varga-Weisz
    引用: 基因组生物学202021: 64
    内容类型:研究 发表于:

  8. 鸡对大部分人口来说是非常重要的蛋白质来源。盲肠菌群通过产生短链脂肪酸在鸡的营养中起着至关重要的作用。

    作者: 劳拉·格兰丁宁，罗伯特·d·斯图尔特，马克·j·帕伦，凯利·a·沃森和米克·沃森
    引用: 基因组生物学202021: 34
    内容类型:研究 发表于:

    的作者对这篇文章的更正已发表于基因组生物学202122：60

  9. 宿主相关的微生物群，发生在宿主内部和表面的微生物，影响进化，免疫和生态过程。宿主与微生物的相互作用影响代谢…

    作者: 道格拉斯·c·伍德姆斯、莫丽·c·布莱茨、c·吉列尔梅·贝克尔、海登·a·本德、丹尼尔·布伊特拉戈-罗萨斯、汉娜·迪博尔、罗杰·黄恩、帕特里克·j·卡恩斯、乔丹·库内曼、艾米·黑泽明、布兰登·c·拉巴巴德、卡桑德拉·莱昂斯、克里·麦克纳利、克劳斯·施利普、纳奇特·桑卡尔、阿曼达·g·托卡什-皮特斯……
    引用: 基因组生物学202021：23
    内容类型:研究 发表于:

  10. 对肠道病原体的耐药性是处于多种生物过程十字路口的复杂特征。我们之前在果蝇遗传参考组(DGRP)显示，对感染的抵抗力很高。

    作者: Michael V. Frochaux, Maroun Bou Sleiman, Vincent Gardeux, Riccardo Dainese, Brian Hollis, Maria Litovchenko, Virginie S. Braman, Tommaso Andreani, Dani Osman和Bart Deplancke
    引用: 基因组生物学202021：6
    内容类型:研究 发表于:

  12. 病毒的古生菌和细菌是地球上最丰富多样的生物实体之一。由于方法上的限制，揭示它们的生物多样性一直具有挑战性。文化的最新进展。

    作者: F. H.库蒂尼奥，R. A.爱德华兹，F. Rodríguez-Valera
    引用: BMC生物学201917: 109
    内容类型:研究文章 发表于:

  13. 人类与微生物群落共同进化，建立了一种互惠互利的关系，这种关系的特征仍然很模糊，可以更好地了解人类微生物组。比较……

    作者: 塞雷娜拉、弗朗西斯科·阿斯尼卡、弗朗西斯科·贝吉尼、达维德·巴扎尼、法比奥·坎博、莫雷诺·佐尔福、埃莉奥诺拉·尼格罗、尼古拉·卡彻、保罗·曼吉、玛丽莎·伊莎贝尔·梅茨格、爱德华多·帕索利和尼古拉·塞加塔
    引用: 基因组生物学201920.: 299
    内容类型:研究 发表于:

  16. 早期生命微生物群对宿主的健康产生深远的终身影响。对人类的纵向研究提供了丰富的信息，但主要是基于粪便样本的分析，不能直接脱落。

    作者: 刘宏斌，曾祥芳，张国龙，侯成礼，李宁，余海涛，尚丽军，张小雅，Paolo Trevisi，杨飞云，刘佐华，乔世岩
    引用: BMC生物学201917: 106
    内容类型:研究文章 发表于:

  17. 高通量DNA测序使复杂生物系统的大规模宏基因组分析成为可能。这样的分析并不局限于现今的样品，也可以应用于古代的分子数据。

    作者: Ron Hübler, Felix M. Key, Christina Warinner, Kirsten I. Bos, Johannes Krause和Alexander Herbig
    引用: 基因组生物学201920.: 280
    内容类型:方法 发表于:

  18. 血液胆固醇的管理是预防心血管疾病的一个主要重点。本研究的目的是研究肠道菌群如何影响宿主胆固醇的稳态。

    作者: 蒂phaine Le Roy, Emelyne Lécuyer, Benoit Chassaing, Moez Rhimi, Marie Lhomme, Samira Boudebbouze, Farid Ichou, Júlia Haro Barceló， Thierry Huby, Maryse Guerin, Philippe Giral, Emmanuelle Maguin, Nathalie Kapel, Philippe Gérard, Karine Clément和Philippe Lesnik
    引用: BMC生物学201917: 94
    内容类型:研究文章 发表于:

  19. 最近的宏基因组分析揭示了溃疡性结肠炎(UC)患者肠道菌群的失调。然而，这种生态失调的影响还不完全清楚，特别是在应变水平上。

    作者: Seishima Jun，饭田典豪，北村和也，Yutani Masahiro，王子玉，关秋宏，山下太郎，酒井吉夫，本田正雄，山下达也，香屋隆，雪田幸弘，藤永幸子，瑞越荣和金子秀一
    引用: 基因组生物学201920.: 252
    内容类型:研究 发表于:

  20. 人类上呼吸道(URT)为微生物定植提供了各种各样的生态位。当地微生物群落是由城市轨道交通内特定位置的不同特征所形成的。

    作者: Christina Kumpitsch, Kaisa Koskinen, Veronika Schöpf和Christine Moissl-Eichinger
    引用: BMC生物学201917: 87
    内容类型:审查 发表于:

  21. MinHash算法已被证明是快速估计两个基因组或宏基因组相似性的有效方法。然而，这种方法不能可靠地估计宏基因组中基因组的包含。H……

    作者: Brian D. Ondov, Gabriel J. Starrett, Anna Sappington, Aleksandra Kostic, Sergey Koren, Christopher B. Buck和Adam M. Phillippy
    引用: 基因组生物学201920.: 232
    内容类型:方法 发表于:

  23. 生活在美国的西班牙裔可能对肠道微生物群有未知的潜在出生地和生活方式的影响。我们报告了来自西班牙四个中心的1674名参与者的横断面分析。

    作者: Robert C. Kaplan, Zheng Wang, Mykhaylo Usyk, Daniela Sotres-Alvarez, Martha L. Daviglus, Neil Schneiderman, Gregory A. Talavera, Marc D. Gellman, Bharat Thyagarajan, Jee-Young Moon, Yoshiki Vázquez-Baeza, Daniel McDonald, Jessica S. Williams-Nguyen, Michael C. Wu, Kari E. North, Justin Shaffer…
    引用: 基因组生物学201920.: 219
    内容类型:研究 发表于:

    的作者对这篇文章的更正已发表于基因组生物学202021：50

  24. 随着宏基因组研究转向越来越多的样本，像人类肠道这样的群落可能更多地受益于许多样本中丰富的微生物的组装，而不是少数微生物的详尽组装。

    作者: Jon G. Sanders, Sergey Nurk, Rodolfo A. Salido, Jeremiah Minich, Zhenjiang Z. Xu, Qiyun Zhu, Cameron Martino, Marcus Fedarko, Timothy D. Arthur, Feng Chen, Brigid S. Boland, Greg C. Humphrey, Caitriona Brennan, Karenina Sanders, James Gaffney, Kristen Jepsen…
    引用: 基因组生物学201920.: 226
    内容类型:方法 发表于:

  25. 人体肠道内有复杂的微生物生态系统，包括细菌和病毒。随着新一代测序技术的兴起，我们看到了人类肠道研究的量子飞跃…

    作者: Sanzhima Garmaeva, Trishla Sinha, Alexander Kurilshikov, Jingyuan Fu, Cisca Wijmenga和Alexandra Zhernakova
    引用: BMC生物学201917：84
    内容类型:审查 发表于:

  27. 土壤是农业生产力的关键组成部分，土壤微生物群决定了许多必需植物养分的有效性。土壤的农业驯化，即原有土壤的转化。

    作者: Joseph Edwards, Christian Santos-Medellín, Nguyen Bao, John Kilmer, Zachary Liechty, Esteban Veliz，倪家栋，Gregory Phillips和Venkatesan Sundaresan
    引用: 基因组生物学201920.: 221
    内容类型:研究 发表于:

  28. 当前的宏基因组分析越来越多地涉及长DNA序列和宏基因组组装基因组的从头分类。在这里，我们展示了传统的最佳选择方法通常会导致……

    作者: f·a·巴斯蒂安·冯·梅延菲尔德，克塞尼亚·阿尔希波娃，迭戈·d·坎贝，费利佩·h·库蒂尼奥和巴斯·e·杜蒂尔
    引用: 基因组生物学201920.: 217
    内容类型:方法 发表于:

  30. 来自非人类灵长类动物的比较数据提供了对塑造人类肠道微生物组进化的过程的深入了解，并突出了将人类与其他灵长类动物区分开来的微生物组特征. ...

    作者: 凯瑟琳·r·阿马托、伊丽莎白·k·马洛特、丹尼尔·麦克唐纳、纳撒尼尔·j·多米尼、托尼·戈德堡、乔安娜·e·兰伯特、拉丽莎·斯韦德尔、杰西卡·l·梅特卡夫、安德烈斯·戈麦斯、吉莉安·a·o·布里顿、丽贝卡·m·斯坦普夫、史蒂文·r·利和罗布·奈特
    引用: 基因组生物学201920.: 201
    内容类型:研究 发表于:

  31. 抗生素药物的选择压力是抗菌治疗方案明智管理的一个重要考虑因素。治疗决定目前是基于粗糙的假设，一个…

    作者: Matthias Willmann, Maria J. G. T. Vehreschild, Lena M. Biehl, Wichard Vogel, Daniela Dörfel, Axel Hamprecht, Harald Seifert, Ingo B. Autenrieth和Silke Peter
    引用: BMC生物学201917: 76
    内容类型:研究文章 发表于:

  34. 从宏基因组学数据重建基因组片段是一项高度复杂的任务。除了一般的挑战，如重复和测序错误，宏基因组组装需要容忍不均匀的部门…

    作者: Jay Ghurye, Todd Treangen, Marcus Fedarko, W. Judson Hervey IV和Mihai Pop
    引用: 基因组生物学201920.: 174
    内容类型:方法 发表于:

  35. 腹泻是5岁以下儿童死亡的第二大原因。迫切需要加强对腹泻的因果途径、发病机制和后遗症的了解。尽管肠道菌群…

    作者: 尼古拉斯·罗迪斯、塔莎·巴尔、萨拉·亨德里克森、卡姆·普朗盖、安德鲁·哈尔特尔、琳恩·吉尔、劳拉·加泽尔、卡特琳·怀特森、马克·斯利夫卡和伊尔赫姆·梅索迪
    引用: 基因组生物学201920.: 173
    内容类型:研究 发表于:

  38. 我们开发了一个宏基因组数据分析管道MicroPro，它考虑了所有来自已知和未知微生物的读取，并将病毒与复杂疾病联系起来。我们利用MicroPro肛门…

    作者: 朱子凡，任杰，Sonia Michail，孙凤珠
    引用: 基因组生物学201920.: 154
    内容类型:软件 发表于:

    的对本文的更正已发表于基因组生物学201920.: 214

  39. 我们描述了一种将长读测序添加到用于组装高度复杂的牛瘤胃微生物群落的混合技术中的方法，并与基于短读的方法进行了比较。读……

    作者: 德里克·m·比克哈特、米克·沃森、谢尔盖·科伦、凯文·潘克-布塞、劳拉·m·瑟索西莫、马克西米利安·o·普雷斯、柯蒂斯·p·范·塔塞尔、乔·安·s·范·凯塞尔、布拉德·j·哈利、金善宇、谢丽尔·海纳、加勒特·孙、基兰马伊·巴克希、伊万·利亚奇科、肖恩·t·沙利文、菲利普·r·迈尔……
    引用: 基因组生物学201920.: 153
    内容类型:方法 发表于:

  42. 宏基因组学可以探索微生物群落的各个方面，这些方面是通过针对单个微生物的培养方法无法达到的。在此基础上发现了许多新的微生物类群和基因。

    作者: 安德鲁·马尔泰兹·托马斯和尼古拉·塞加塔
    引用: BMC生物学201917: 48
    内容类型:评论 发表于:

  43. 定期使用皮肤个人护理产品几乎是普遍的，但它们对皮肤分子和微生物多样性的影响尚不清楚。我们评估了四种美容产品(一种美容产品)的影响。

    作者: Amina Bouslimani, Ricardo da Silva, Tomasz Kosciolek, Stefan Janssen, Chris Callewaert, Amnon Amir, Kathleen Dorrestein, Alexey V. Melnik, Livia S. Zaramela, jin - nu Kim, Gregory Humphrey, Tara Schwartz, Karenina Sanders, Caitriona Brennan, Tal luzzato - knaan, Gail Ackermann…
    引用: BMC生物学201917: 47
    内容类型:研究文章 发表于:

  44. 环境抗性体包括可转移的微生物基因。一个重要的抗性成分是对砷的抗性，砷是一种普遍存在的有毒金属，可对人类健康产生负面和慢性后果。

    作者: 泰勒·k·杜尼文，苏珊娜·叶，阿什利·谢德
    引用: BMC生物学201917: 45
    内容类型:研究文章 发表于:

  46. 全宏基因组霰弹枪(WMGS)测序是一种可以深入了解复杂微生物群的基因组组成和排列的方法。在此，我们报告WMGS与栽培ap的结合如何…

    作者: Gabriele Andrea Lugli, Christian Milani, Sabrina Duranti, Giulia alessandra, Francesca Turroni, Leonardo Mancabelli, Danilo Tatoni, Maria Cristina Ossiprandi, Douwe van Sinderen和Marco Ventura
    引用: 基因组生物学201920.: 96
    内容类型:简短的报告 发表于:

  47. 抗生素耐药性使得常见的细菌感染无法治愈。野生动物可以在水系统等环境中吸收并散布耐抗生素细菌，这反过来又充当了…

    作者: Vanessa R. Marcelino, Michelle Wille, Aeron C. Hurt, Daniel González-Acuña, Marcel Klaassen, Timothy E. Schlub, John-Sebastian Eden, Mang Shi, Jonathan R. Iredell, Tania C. Sorrell和Edward C. Holmes
    引用: BMC生物学201917: 31
    内容类型:研究文章 发表于:
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