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疾病表观基因组学

基因组生物学收藏

疾病的表观基因组学表观基因组已被证明在疾病进展和衰老过程中发生显著变化。这些表观遗传变化通常被证明与基因表达的变化有关。通过分析这些变化,可以发现有用的生物标志物,我们可以更好地了解疾病进展或癌症异质性的机制。

在这本文集中,基因组生物学重点介绍了最近发表的与疾病相关的DNA甲基化变化相关的论文。

  1. 遗传变异是RNA转录和剪接的重要决定因素,而RNA转录和剪接又会导致包括心血管疾病在内的人类特征的变异。

    作者: Matthias Heinig, Michiel E. Adriaens, Sebastian Schafer, Hanneke W. M. van Deutekom, Elisabeth M. loder, James S. Ware, Valentin Schneider, Leanne E. Felkin, Esther E. Creemers, Benjamin Meder, Hugo A. Katus, Frank Rühle, Monika Stoll, François Cambien, Eric Villard, Philippe Charron…
    引用: 基因组生物学201718: 170
  2. 由于高度上下文特异性的基因调控,预测特定组织或细胞类型的调节变异仍然具有挑战性。通过连接大规模表观基因组的表达定量…

    作者: 李木林,李苗欣,刘子鹏,闫斌,潘志成,黄丹丹,梁倩,应定阁,徐峰,姚洪成,王潘文,Jean-Pierre A. Kocher,夏正元,沈柏涌,刘俊S.,王俊文
    引用: 基因组生物学201718: 52
  3. 细胞间的异质性是癌症进化、进展和耐药性出现的主要驱动因素。单细胞水平的表观基因组变异可迅速产生癌症异质性,但差异很大。

    作者: Ulrike M. Litzenburger, Jason D. Buenrostro, Beijing Wu, Ying Shen, Nathan C. Sheffield, Arwa Kathiria, William J. Greenleaf和Howard Y. Chang
    引用: 基因组生物学201718:15
  4. 缓慢生长的前列腺癌(PC)在一部分病例中具有侵袭性。因此,预后工具可以指导临床决策,避免无痛性PC的过度治疗和侵袭性d的治疗不足。

    作者: Kamilla Mundbjerg, Sameer Chopra, Mehrdad Alemozaffar, Christopher Duymich, Ranjani Lakshminarasimhan, Peter W. Nichols, Manju Aron, Kimberly D. Siegmund, Osamu Ukimura, Monish Aron,”Mariana Stern, Parkash Gill, John D. Carpten, Torben F. Ørntoft, Karina D. Sørensen, Daniel J. Weisenberger……
    引用: 基因组生物学201718:3
  5. 慢性低度炎症反映了复杂疾病发病机制中涉及的亚临床免疫反应。鉴定DNA甲基化与慢性低恶性肿瘤相关的基因位点

    作者: Symen Ligthart, Carola Marzi, Stella Aslibekyan, Michael M. Mendelson, Karen N. Conneely, Toshiko Tanaka, Elena Colicino, Lindsay L. Waite, Roby Joehanes, Weihua Guan, Jennifer A. Brody, Cathy Elks, Riccardo Marioni, Min A. Jhun, Golareh Agha, Jan Bressler…
    引用: 基因组生物学201617: 255
  6. 一种新的有丝分裂时钟和数学方法,结合了人类细胞类型中常见的DNA甲基化生物学,为癌症表观遗传学研究提供了一种新的工具。

    作者: 布洛克·c·克里斯滕森和卡尔·t·凯尔西
    引用: 基因组生物学201617: 216
  7. 近年来,Illumina HumanMethylation450 (HM450) BeadChip提供了一个用户友好的平台来分析人类样本中的DNA甲基化。然而,HM450缺乏远端调控元件的覆盖…

    作者: Ruth Pidsley, Elena Zotenko, Timothy J. Peters, Mitchell G. Lawrence, Gail P. Risbridger, Peter Molloy, Susan Van Djik, Beverly Muhlhausler, Clare Stirzaker和Susan J. Clark
    引用: 基因组生物学201617:208
  8. 体细胞组织中癌症风险的差异归因于干细胞分裂的潜在速率的差异。对于特定的组织类型,个体之间不同的癌症风险被认为是…

    作者: 杨震,Andrew Wong, Diana Kuh, Dirk S. Paul, Vardhman K. Rakyan, R. David Leslie,郑世杰,Martin Widschwendter, Stephan Beck和Andrew E. Teschendorff
    引用: 基因组生物学201617: 205
  9. 年龄增长逐渐影响慢性病的风险和严重程度。它还修改表观基因组,DNA甲基化的变化,由于随机漂移和特定功能范围内的变异。

    作者: 克里斯托弗·g·贝尔,夏玉东,袁伟,高飞,柯尔斯顿·沃德,莱奥尼·鲁斯,马西莫·曼吉诺,皮罗·g·希西,乔丹娜·贝尔,王军和蒂莫西·d·斯派特
    引用: 基因组生物学201617: 193
  10. 表观遗传变化是衰老的一个标志,但它与人类衰老机制的联系仍然知之甚少。虽然许多CpG位点的DNA甲基化密切跟踪实际年龄,但DNA甲基化变化…

    作者: Roderick C. Slieker, Maarten van Iterson, René Luijk, Marian Beekman, Daria V. Zhernakova, Matthijs H. Moed, Hailiang Mei, Michiel van Galen, Patrick Deelen, Marc Jan Bonder, Alexandra Zhernakova, André G. Uitterlinden, Ettje F. Tigchelaar, Coen D. A. Stehouwer, Casper G. Schalkwijk, Carla J. H. van der Kallen…
    引用: 基因组生物学201617: 191
  11. 精神分裂症是一种高度遗传的神经精神疾病,其特征是发作性精神病和认知功能的改变。尽管成功地识别了与精神分裂症相关的基因变异,但……

    作者: 艾莉丝·汉农、艾玛·登普斯特、琼娜·维亚娜、乔·伯雷奇、亚当·r·史密斯、鲁比·麦克唐纳、大卫·圣克莱尔、科莱特·马斯塔德、杰罗姆·布林、塞巴斯蒂安·瑟曼、雅科·卡普里奥、提莫西娅·图洛普卢、希勒克·e·胡尔绍夫·波尔、马克·m·波尔肯、雷内·s·卡恩、伊戈尔·纳纳迪克……
    引用: 基因组生物学201617: 176
  12. 衰老的表观遗传生物标记物(“表观遗传时钟”)有可能解决围绕死亡率和心脏代谢疾病发病率的令人困惑的发现,如:(1)女性始终保持高寿命。

    作者: Steve Horvath, Michael Gurven, Morgan E. Levine, Benjamin C. Trumble, Hillard Kaplan, Hooman Allayee, Beate R. Ritz, Brian Chen, Ake T. Lu, Tammy M. Rickabaugh, Beth D. Jamieson, Sun dianjiyi, Li Shengxu, Chen Wei, Lluis Quintana-Murci, Maud Fagny…
    引用: 基因组生物学201617:171
  13. 在分析DNA甲基化研究时,存在许多不同的方法来调整细胞类型混合物比例的可变性。在这里,我们提出了一个广泛的模拟研究的结果,建立在细胞分离…

    作者: Kevin McGregor, Sasha Bernatsky, Ines Colmegna, Marie Hudson, Tomi Pastinen, Aurélie Labbe和Celia M.T. Greenwood
    引用: 基因组生物学201617:84
  14. 表观遗传漂移逐渐增加衰老细胞DNA修饰谱的变异,但这种分歧的结局仍然难以捉摸。在这项研究中,我们探索了DNA修饰的动力学和…

    作者: Gabriel Oh, Sasha Ebrahimi, son - chong Wang, Rene Cortese, Zachary A. Kaminsky, Irving I. Gottesman, James R. Burke, Brenda L. Plassman和Art Petronis
    引用: 基因组生物学201617: 76
  15. 遗传变异对复杂疾病的影响可能是通过一系列高度动态的表观遗传过程介导的,在发育和晚年生活中表现出时间变异。这里我们有…

    作者: 汤姆·r·冈特、哈什姆·a·希哈布、纪伯伦·赫马尼、乔辛·l·敏、杰夫·伍德沃德、奥利弗·利特尔顿、郑洁、阿帕纳·达吉拉拉、温迪·l·麦卡德尔、凯伦·何、苏珊·m·林、大卫·m·埃文斯、乔治·戴维·史密斯和卡罗琳·l·雷尔顿
    引用: 基因组生物学201617: 61
  16. 一项新的研究表明,单个细胞因子,白细胞介素-4,如何通过激活JAK3-STAT6途径调节造血谱系选择,从而导致树突状细胞特异性DNA去甲基化。

    作者: Andreas Lennartsson
    引用: 基因组生物学201617: 18
  17. 癌症的标志之一是基因表达模式的破坏。许多分子病变有助于这种表型,和重要性异常DNA甲基化概况越来越多的认识…

    作者: 霍尔格·海恩、恩里克·比达尔、亨贝托·j·费雷拉、米格尔·维佐索、塞尔吉·萨约尔、安东尼奥·戈麦斯、塞巴斯蒂安·莫兰、拉奎尔·博克-萨斯特、索尼娅·吉尔、安娜·马丁内斯-卡杜斯、查尔斯·林、罗米娜·罗约、何塞·v·桑切斯-穆特、拉蒙·马丁内斯、玛尔塔·古特、大卫·特伦茨……
    引用: 基因组生物学201617:11
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