由Rolf Backofen, Alessandro Dal Palu'， Agostino Dovier和Sebastian Will编辑
约束和约束逻辑规划技术已被证明对现代生物科学的大量计算问题是有效的，这些问题通常是复杂的和np难的。基于约束的方法基本上有助于生物信息学的工具集，因为它们能够简化问题建模和面对具有计算挑战性的问题。这些技术在10多年前出现在生物信息学领域，在CP97和CP98相关的约束和生物信息学/生物计算研讨会上介绍过。自2005年以来，基于约束的生物信息学方法研讨会(WCB系列)每年举行一次。特别感兴趣的主题包括(但不限于)序列分析，生物系统模拟，蛋白质结构预测和对接，结构比对，谱系分析和单倍型推断。专题系列开放给任何在该领域尚未在其他地方发表的原创论文。特别地，我们鼓励提交与WCB系列最新版本的报告相对应的论文全文。
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生物信号调节网络的布尔模型越来越多地用于正式描述和理解复杂的生物过程。随着新数据的出现，这些模型可能会变得不一致。
本文讨论了生物调控网络中吸引子的寻找问题。我们在这里专注于非确定性同步和异步多值网络，使用自动机网络建模…
许多细胞分化过程可以捕获使用离散定性模型的生物调控网络。这些模型描述了网络主体状态的时间演化……
焦磷酸测序等位基因定量(AQ)是一种具有成本效益的DNA测序方法，可用于检测福尔马林固定石蜡包埋(FFPE)样品的体突变。该方法显示一个lo…
聚类在生物数据分析中得到了广泛的应用，使得从组态和网络数据中发现假定的功能模块成为可能。尽管公认的重要性，纳入领域知识…
基于约束的基因组尺度代谢网络重建建模已成为计算生物学中广泛应用的方法。磁链耦合分析是一种基于约束的方法，用于分析系统的基本特性。
模型约简是系统生物学和动力系统理论的中心主题，用于降低详细模型的复杂性，找到重要参数，并开发多尺度模型，例如....
化学反应是化学键的重排。因此，引出分子中的每个原子再次出现在其中一个反应产物的特定位置。排泄原子和生成物原子之间的双向喷射…
在代谢网络的研究中，初等模态分析被证明是一种强有力的基于约束的方法。然而，em的枚举是一项艰巨的计算任务。此外，由于他们的la…
对于许多预测应用，会生成大量模型，然后根据结构相似性聚类到子集中。在大多数聚类算法中，全对全均方根偏差(RMSD…
我们提出了一种计算代表生物反应系统的Petri网的最小半正不变量的方法，作为约束满足问题的解决方案。利用Petri网来操纵…