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鸟类基因组收集

现代鸟类谱系之间的进化关系是有争议的，已经争论了很多年。为了解决这一问题，鸟类基因组联盟已经对36目45种鸟类的基因组进行了测序。再加上之前的三个基因组测序，这些数据帮助我们解决了鸟类的系统发育问题。除了对鸟类生物学的具体见解外，所产生的丰富数据使研究人员能够回答有关进化生物学的更一般的问题。这个项目产生的一些文章已经发表在科学，包括两篇旗舰文章(DOI:10.1126 / science.1251385和DOI:10.1126 / science.1253451)．以下文章已在BioMed Central期刊上发表，包括基因组生物学和GigaScience．该项目的数据可从GigaDB．

完整的收藏可以在禽类基因组联盟页面．

  1. 确定现存鸟类主要谱系之间的进化关系一直是系统生物学中最大的挑战之一。为了应对这一挑战，我们组装或收集了基因组……

    作者: Erich D Jarvis, Siavash Mirarab, Andre J Aberer, Bo Li, Peter Houde, Cai Li, Simon yw Ho, Brant C Faircloth, Benoit Nabholz, Jason T Howard, Alexander Suh, Claudia C Weber, Rute R da Fonseca, Alonzo Alfaro-Núñez, Nitish Narula, Liang Liu…
    引用: GigaScience20154：4
    内容类型:数据报告 发表于:

  2. 允许访问基因组组装的序列和注释数据是很重要的，因为在促进研究的同时，它将组装和注释质量置于审查之下，从而提高了基因组组装和注释的质量。

    作者: l， M Thomas P Gilbert, Li Cai, Li Bo, Alan Archibald, Bronwen L Aken，张国杰，Erich Jarvis, Paul Flicek, David W Burt
    引用: 基因组生物学201516：21
    内容类型:公开信 发表于:

  3. 鸟类是最成功和最多样化的脊椎动物群体之一，它们进化出了许多独特的特征，包括羽毛和翅膀，坚固轻便的骨骼和独特的呼吸……

    作者: Peter V Lovell, Morgan Wirthlin, Larry Wilhelm, Patrick Minx, Nathan H Lazar, Lucia Carbone, Wesley C Warren和Claudio V Mello
    引用: 基因组生物学201415: 565
    内容类型:研究 发表于:

  4. 鸣禽是最多样化和最成功的脊椎动物群体之一，几乎占所有已知鸟类物种的一半。识别可能与…相关的基因组创新

    作者: 摩根·威斯林、彼得·V·洛弗尔、埃里希·D·贾维斯和克劳迪奥·V·梅洛
    引用: BMC基因组学201415: 1082
    内容类型:研究文章 发表于:

  5. 与常染色体相比，性染色体在序列和基因表达上表现出许多不同寻常的模式。鸟类通过对r基因的逐步抑制，进化出了一种雌性异交性系统(雄性ZZ，雌性ZW)。

    作者: 王宗吉，张吉林，杨伟，安娜，张培，张国杰，周琦
    引用: 进化生物学201414: 250
    内容类型:研究文章 发表于:

  6. 脊椎动物皮肤附属物是由多基因家族产生的角蛋白构成的。α (α)角蛋白存在于所有脊椎动物中，而β (β)角蛋白只存在于爬行动物和鸟类中。我们……

    作者: Matthew J Greenwold, Erich D Jarvis，胡浩富，李财，M Thomas P Gilbert，张国杰，Roger H Sawyer
    引用: 进化生物学201414: 249
    内容类型:研究文章 发表于:

  8. 企鹅是一种不会飞的水鸟，广泛分布在南半球。企鹅独特的形态和生理特征使它们能够生活在水中，其中一些企鹅……

    作者: 李财，张勇，李建文，孔乐生，胡浩富，潘海林，徐罗昊，邓媛，李启业，金丽君，余浩，陈岩，刘秉航，杨林峰，刘世平，张岩…
    引用: GigaScience20143.: 27
    内容类型:研究 发表于:

  9. 多种鸟类基因组序列的可用性极大地提高了我们定义整体基因组组织和重建进化变化的能力。在鸟类中，这一过程此前一直受到阻碍。

    作者: Michael N Romanov, Marta farr， Pamela E Lithgow, Katie E Fowler, Benjamin M Skinner, Rebecca O 'Connor, Gothami Fonseka, nicholas Backström, Yoichi Matsuda, Chizuko Nishida, Peter Houde, Erich D Jarvis, Hans Ellegren, David W Burt, Denis M Larkin和Darren K Griffin
    引用: BMC基因组学201415: 1060
    内容类型:研究文章 发表于:

  10. 近四分之一的鸟类物种受到威胁或几乎受到威胁。其中，有73个物种目前正被野生动物保护区从灭绝中拯救出来。以前最挑剔的人之一……

    作者: 李生斌，李波，程成，熊子军，刘清波，赖江华，Hannah V Carey，张琼，郑海波，魏曙光，张洪波，常辽，刘世平，张善新，于冰，曾晓凡…
    引用: 基因组生物学201415: 557
    内容类型:研究 发表于:

  13. 哺乳动物基因组通常含有内源性病毒成分。由于缺乏可比较的基因组尺度序列数据，对鸟类物种的内源性病毒元素知之甚少，即使它们的小…

    作者: 崔杰，赵伟，黄志勇，Erich D Jarvis, M Thomas P Gilbert, Peter J Walker, Edward C Holmes，张国杰
    引用: 基因组生物学201415: 539
    内容类型:研究 发表于:

  14. 每个人都喜欢世界上的鸟类。从它们令人难以忘怀的歌声和威严的飞行，到令人眼花缭乱的羽毛和交配仪式，鸟类观察者——无论是业余爱好者还是专业人士——几个世纪以来都对它们感到惊叹。

    作者: 斯蒂芬·J·布莱恩，大卫·豪斯勒和奥利弗·莱德
    引用: GigaScience20143.: 32
    内容类型:评论 发表于:

  15. 现代鸟类的进化关系是系统生物学中最难理解的问题之一，已经争论了几个世纪。为了应对这一挑战，我们汇集了……

    作者: 张国杰，李波，李才，M Thomas P Gilbert, Erich D Jarvis，王军
    引用: GigaScience20143.：26
    内容类型:数据报告 发表于:
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