编辑:文森特·莫尔顿,迈克·斯蒂尔和坦迪·沃诺
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系统发育中逐步突变的群理论背景
最近,人们引入了一步突变矩阵来模拟置换对系统发生树任意分支的影响。这个概念适用于四态核…
引用:
分子生物学算法20127: 36
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最近,人们引入了一步突变矩阵来模拟置换对系统发生树任意分支的影响。这个概念适用于四态核…
选择最适合给定分子数据的进化模型通常是一种启发式选择。在他的开创性著作中,J. Felsenstein提出,某些线性方程满足预期问题…
有几种常用的方法将树编码为矩阵,如邻接矩阵、拉普拉斯矩阵(即自然随机游走的无穷小生成器)和成对dist矩阵。
系统发育网络N顶点对应于物种,弧线对应于从尾部的物种直接遗传到头部的物种。DNA的测量通常是在…
系统发生网络是系统发生树的推广,用于在各种情况下模拟进化事件。本文介绍了几种不同的重建方法和标准。
虽然分类法经常被非正式地用于评价系统发育推断的结果和系统发育树的根,但缺乏这样做的算法方法。
基因的祖先形成了基因树,由于谱系排序不完整,基因树的拓扑结构不一定与物种树相同。可用的算法确定一个基因树的概率gi…
我们提出了最优线性时间算法来计算Shapley值和系统发生树中分类群的“高度进化独特性”(HED)评分。我们证明了……的有效性。
超级树方法将整个分类单元子集上的树组合在一起,以生成整个分类单元集上的树。在许多超级树方法中,最流行的是MRP (Parsimo矩阵表示法)。