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系统发育学:新数据,新挑战

编辑:文森特·莫尔顿,迈克·斯蒂尔和坦迪·沃诺

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  1. 最近,人们引入了一步突变矩阵来模拟置换对系统发生树任意分支的影响。这个概念适用于四态核…

    作者: Mareike Fischer, Steffen Klaere, Minh Anh Thi Nguyen和Arndt von Haeseler
    引用: 分子生物学算法20127: 36
  2. 选择最适合给定分子数据的进化模型通常是一种启发式选择。在他的开创性著作中,J. Felsenstein提出,某些线性方程满足预期问题…

    作者: Marta Casanellas, Jesús Fernández-Sánchez和Anna M Kedzierska
    引用: 分子生物学算法20127: 33
  3. 系统发生网络是系统发生树的推广,用于在各种情况下模拟进化事件。本文介绍了几种不同的重建方法和标准。

    作者: 拉瓦尼亚·坎南和沃德·C·惠勒
    引用: 分子生物学算法20127:9
  4. 我们提出了最优线性时间算法来计算Shapley值和系统发生树中分类群的“高度进化独特性”(HED)评分。我们证明了……的有效性。

    作者: Iain Martyn, Tyler S Kuhn, Arne O Mooers, Vincent Moulton和Andreas Spillner
    引用: 分子生物学算法20127:6
  5. 超级树方法将整个分类单元子集上的树组合在一起,以生成整个分类单元集上的树。在许多超级树方法中,最流行的是MRP (Parsimo矩阵表示法)。

    作者: Nam Nguyen, Siavash Mirarab和Tandy Warnow
    引用: 分子生物学算法20127:3
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