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开放研究计算

开放式研究计算

编辑:Cameron Neylon

开放研究计算主题系列发布了同行评审的文章，描述了为研究人员设计的软件的开发、能力和使用。欢迎提交与用于任何研究领域的软件相关的文章，以及处理算法、有用代码片段、大型应用程序或web服务以及库的文章。开放研究计算专题系列要求软件源代码在开放源代码倡议兼容的许可证下可用，并评估软件的文档和测试的质量。除了描述软件的文章外，专题系列还欢迎审查或描述与基于软件的研究工具相关的发展的提交。这些包括但不限于，对标准的审查或建议，研究软件开发的最佳实践的讨论，为开发或使用基于软件的工具的研究人员提供的教育和支持资源和工具。

最后更新于2013年3月19日

  2. 便携式文档格式(PDF)是在线科学出版物最常用的文件格式。缺乏有效的方法从这些PDF文件中以布局感知的方式提取文本……

    作者: Cartic Ramakrishnan, Abhishek Patnia, Eduard Hovy和Gully APC Burns
    引用: 生物和医学源代码20127：7
    内容类型:软件评审 发表于:

  3. SAMtools实用程序包括一套非常有用和广泛使用的软件，用于操作SAM和BAM格式的文件和对齐，用于广泛的遗传分析。SAMtools实用程序…

    作者: 里卡多·H·拉米雷斯-冈萨雷斯，拉乌尔·邦纳尔，马里奥·卡卡莫和丹尼尔·麦克林
    引用: 生物和医学源代码20127：6
    内容类型:软件评审 发表于:

  4. 在科学计算领域，Fortran在20世纪后半叶的大部分时间里都是占主导地位的实现语言。在此期间积累的许多工具已经很难与…集成。

    作者: Ralf W Grosse-Kunstleve, Thomas C Terwilliger, Nicholas K Sauter和Paul D Adams
    引用: 生物和医学源代码20127：5
    内容类型:软件评审 发表于:

  5. 组装下一代短读测序数据可以导致一个碎片化的不连续的基因组序列集。因此，基因组计划的一个常见步骤是连接邻近的序列区域。

    作者: 迈克尔·D·巴顿和哈泽尔·A·巴顿
    引用: 生物和医学源代码20127: 4
    内容类型:软件评审 发表于:

  6. 虽然已经有出版的材料介绍了工作所需的技能成功的生物信息学的职业生涯，奇怪的是迄今为止还没有研究如何擅长这个问题不成为一名生物信息学家。se……

    作者: 曼努埃尔·科帕斯，塞贡·法图莫和莱因哈德·施耐德
    引用: 生物和医学源代码20127：3
    内容类型:评论 发表于:

  7. 作者: Cameron Neylon, Jan Aerts, C Titus Brown, Simon J Coles, Les Hatton, Daniel Lemire, K Jarrod Millman, Peter Murray-Rust, Fernando Perez, Neil Saunders, Nigam Shah, Arfon Smith, Gaël Varoquaux和Egon Willighagen
    引用: 生物和医学源代码20127：2
    内容类型:编辑 发表于:
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