血浆SARS-CoV-2核衣壳抗原水平与住院COVID-19患者病情进展相关

背景

量化SARS-CoV-2的研究主要集中在上呼吸道或血浆病毒RNA，与临床结果不一致。血浆病毒抗原水平与临床结果之间的关系以前没有研究过。我们的目的是研究血浆SARS-CoV-2核衣壳抗原(n -抗原)浓度与宿主反应标志物和临床结果之间的关系。

方法

在2020年3月至2021年8月期间入院的COVID-19住院患者的前瞻性观察队列中，从256名受试者中收集的第一份研究血浆样本(D0)中测量了SARS-CoV-2 n抗原浓度。评估了血浆n抗原与组织损伤、凝血和炎症的血浆生物标志物之间的等级相关性。采用改良的世界卫生组织(WHO)序数量表，检验入组n抗原血浆浓度与一周临床恶化主要结局之间的相关性。采用多元logistic回归检验入组血浆n抗原浓度与ICU入院、28天机械通气和28天死亡的次要结局之间的相关性。还测试了外部来源的n抗原≥1000 pg/mL的“高抗原”截断点对预后的区分。

结果

84%的研究参与者在D0上检测到n抗原。血浆n抗原水平与RAGE显著相关(r= 0.61)， il-10 (r= 0.59)， IP-10 (r= 0.59，调整后p对于所有相关性= 0.01)。对于一周临床状态的主要结局，血浆n抗原水平每增加500 pg/mL, WHO正常状态越差，校正OR为1.05 (95% CI 1.03-1.08)。与基线相比，D0血浆n抗原≥1000 pg/mL的敏感性为77%，特异性为59% (AUROC 0.68)，阳性预测值为23%，阴性预测值为93%。D0 n抗原浓度与ICU入院和28天机械通气独立相关，但与28天死亡无关。

结论

血浆n抗原水平易于测量，可为了解COVID-19的发病机制和预后提供重要依据。在住院早期测量n抗原水平可以改善风险分层，特别是对于识别不太可能发展为严重疾病的患者。

炎症、器官和组织损伤以及凝血的血浆生物标志物已被研究作为COVID-19疾病的致病性和预后生物标志物[1，2，3.，4，5，6］．尽管这些生物标志物为病毒介导的细胞和组织损伤机制以及宿主对SARS-CoV-2的反应提供了深入了解，但它们并不能直接衡量病毒负担。如果不同时量化病毒RNA或蛋白质，就很难理解非病毒血浆生物标志物与病毒感染的关系。

SARS-CoV-2感染中的病毒负担通常通过测量上呼吸道中的病毒RNA或蛋白质来量化。在一些研究中，上呼吸道病毒载量较高预示着较差的结果[7，8，9，10]，而另一些则没有显示出独立的关联[11］．上呼吸道的病毒载量通常与血浆中的病毒产物没有很强的相关性[12，13，14，15］．血浆病毒负担可能提供额外的价值。先前的研究已经确定，循环SARS-CoV-2病毒RNA的检测与基线疾病严重程度和临床结果相关[12，16，17，18，19，20.，21］．

血浆中的病毒RNA也与炎症和组织损伤的生物标志物相关[12，19，20.，22，23］．然而，循环的SARS-CoV-2 RNA通常无法检测到，特别是在早期或非危的COVID-19中[17，24，25，26］．人们对检测血液中病毒蛋白抗原的实用性越来越感兴趣，这种抗原可在症状出现后2周内检测到[27，28，29，30.]并且即使在症状轻微或轻微的患者中也可量化[28，29，30.，31］．然而，目前关于血液中SARS-CoV-2病毒抗原检测与疾病严重程度和结局之间的关系的研究有限[32，33，34，35，36，37］．

本研究的目的是调查研究入组时(D0)血浆中检测到的SARS-CoV-2核衣壳抗原(n -抗原)水平与(1)组织损伤和宿主反应的生物标志物与COVID-19之间的关系，以及(2)短期临床恶化和机械通气和死亡长达28天的长期结果之间的关系。我们假设D0血浆n抗原浓度与炎症、组织损伤和凝血等生物标志物以及疾病严重程度相关。

研究设计

COVID-19有效治疗的多表型(COMET)研究是一项前瞻性招募的观察队列研究，研究对象是来自加利福尼亚州旧金山三家医院的确诊或疑似COVID-19患者。60名受试者共同参与了COVID-19队列免疫表型评估(IMPACC)研究，两项研究方案一致[38］．在线补充中提供了完整的纳入和排除标准。简单地说，确诊或疑似COVID-19感染的18岁或以上住院患者在入院72小时内有资格参加COMET。在入组时(D0)和住院期间的第4、7和14天收集血浆。本研究的其他纳入标准是pcr证实的COVID-19感染和足够的血浆容量来测量病毒抗原浓度。排除标准为入院时计划的舒适护理、已知怀孕或监禁。主要临床结果为第7天的临床状态，由世界卫生组织(WHO)序号量表测量(详见附加文件)1)．次要结局为入组时未入住ICU的参与者的任何重症监护病房(ICU)、第28天的有创机械通气(MV)和第28天的死亡。从研究参与者或指定的代理决策者那里获得知情同意。机构审查委员会批准了15名研究参与者放弃同意，他们由于在研究期间死亡或在三次尝试后无法联系到参与者或他们的代理人而无法获得直接同意。这项研究得到了加州大学旧金山分校机构审查委员会、IRB 20-30497以及COMET和IMPACC科学领导委员会的批准。

样品采集和测量

研究入组时(入院后72小时内)采集的edta抗凝血在室温1000 g下离心10分钟，血浆收集并在−80℃保存。采用单分子免疫珠法(Quanterix, Billerica, MA, USA)测定血浆中SARS-CoV-2病毒核衣壳蛋白(n -抗原)水平。n抗原浓度低于检测下限3 pg/mL时，被赋值为2.9 pg/mL。血浆白介素(IL)-6、IL-8、IL-18、IL-10、干扰素- γ诱导蛋白(IP)-10、表面活性剂蛋白D (SPD)、晚期糖基化终产物受体(RAGE)、血管生成素-2 (Ang-2)和可溶性肿瘤坏死因子受体(sTNFR)-1采用多重磁珠免疫分析法(Luminex, R&D Systems, Minneapolis, MN, USA)测定，蛋白C采用ELISA法(Helena Laboratories, Beaumont, TX)测定。

统计分析

连续变量以均值(SD)或中位数(IQR)表示，并通过未配对进行比较t如果不是正态分布，则采用Wilcoxon秩和检验。分类变量以n(百分比)表示，并通过卡方检验或Fisher精确检验进行比较。采用Spearman秩相关检验血浆n抗原浓度与其他血浆生物标志物之间的关系，并对多重比较进行Bonferroni校正。

为了评估每增加500 pg/mL的n抗原浓度与一周的临床状况之间的关系，以修正的有序量表为因变量拟合比例优势模型。在最初的8点WHO序数量表上，一周观察量很少(少于样本的约5%)的类别被分解用于序数回归，从而形成5类序数量表(附加文件)1:表S1)，范围从1(流动)至5(机械通气或死亡)。独立的logistic回归模型适用于评估在D0时未入住ICU的研究参与者中，每500 pg/mL n抗原浓度升高与ICU入院与28天机械通气(MV)或死亡之间的关系。如果调整变量预先确定与COVID严重程度或结果相关，在病毒抗原四分位数之间存在显著差异，并且/或可能影响病毒载量，则选择调整变量。对所有模型的年龄、性别、体重指数(BMI)、种族(白人/非白人)、症状持续时间(天)、是否存在糖尿病、是否存在高血压、免疫抑制(定义为> 4周服用20mg强的松等量药物、其他免疫抑制药物、艾滋病毒诊断或骨髓/实体器官移植)、吸烟状况(目前是否吸烟)、瑞德西韦治疗、入组前到入组后21天内1天以上和1周内类固醇治疗、入组日期、D0为8点WHO序数量表。对接种疫苗后一周的临床状态和ICU入院情况进行模型调整。28天机械通气和死亡模型没有根据疫苗状态进行调整，因为没有接种疫苗的参与者在28天死亡或机械通气。

我们评估了外部定义的单个n抗原截断值≥1000 pg/mL对于一周内临床恶化的预后价值，该临床恶化定义为按原始量表测量的WHO序数状态更糟、ICU入院和28天MV或死亡。这是bamlanivimab治疗住院COVID-19的临界值，其中有证据表明，当血浆n抗原高于/低于1000 pg/mL时，治疗效果有差异趋势[13］．计算各结果的敏感性、特异性、阳性预测值(PPV)和阴性预测值(NPV)。拟合单独的未调整逻辑回归模型，并估计受试者工作曲线(AUROC)下面积。我们还使用每个结果的最佳约登指数测试了内部衍生截断的敏感性、特异性、PPV和NPV。

所有的分析都是两面性的p值< 0.05被认为是显著的。使用Stata版本17.0 (College Station, TX)进行统计分析。

基线特征、病毒n抗原浓度和血浆生物标志物

256名covid - 19阳性COMET受试者的血浆容量足以进行病毒n抗原测量(图2)。1)，于2020年3月至2021年8月期间连续入学。研究参与者的基线特征见表1．71%的参与者接受瑞德西韦治疗，43%的参与者接受全身类固醇治疗(在入组前1天和入组前一周或之后)，4%的患者接受托珠单抗治疗，< 1%的患者在住院期间的任何时间接受单克隆抗体治疗。

在84%的参与者中，n抗原高于检测下限(3 pg/mL)。基线WHO序数量表检测到n抗原水平的受试者百分比无显著差异(p= 0.33)，尽管在D0插管的患者(78%可检测)与未插管的患者(86%可检测)相比，有较低的可检测百分比趋势。在有症状持续时间记录的受试者中，检测到n抗原的受试者的中位症状持续时间(8天)比未检测到n抗原的受试者(11天)短。p= 0.015)。当仅限于症状持续时间为14天或更短的参与者时，91%的参与者可检测到血浆病毒抗原水平，而症状持续时间大于14天的参与者可检测到血浆病毒抗原水平的比例为57%。

血浆n抗原浓度的总体分布是右偏的(附加文件1:图S1)，中位数为735 pg/mL(范围2.9-80,108;差24 - 4574)。在D0时，WHO排序类别的基线病毒抗原浓度无显著差异。在病毒抗原浓度的四分位数之间比较基线特征(附加文件)1:表S2)。白人患者比例(p= 0.004)，中位症状持续时间(p< 0.001)，以及基线氧饱和度(p= 0.042)在病毒抗原四分位数上下降，而高血压参与者的比例增加(p= 0.043)。男性病毒抗原浓度中位数(537,IQR 15-3838 pg/mL)低于女性(1327,IQR 50-5115 pg/mL)，但这种比较没有统计学意义(p= 0.16)。

目前吸烟者的n抗原浓度明显较低(n= 21)比目前不吸烟的人(n= 235) (43 [IQR 9-1060] pg/mL vs 804 [IQR 27-4887] pg/mL，p= 0.04，(附加文件1:图S2)。中位症状持续时间、年龄、BMI以及高血压和糖尿病等共病在吸烟者和非吸烟者之间没有显著差异，尽管男性的差异更大(n= 17, 81%的吸烟者和9%的男性吸烟者)比女性(n= 4, 19%的吸烟者和4%的女性)。

n抗原与血浆蛋白、细胞因子和趋化因子的关系

之前已经对一些参与者测量了来自D0样本的额外血浆蛋白、细胞因子和趋化因子。检测了病毒n抗原与10种选定蛋白质、细胞因子和趋化因子在D0时的相关性。经过多次比较校正后，RAGE、IL-10和IP-10与病毒n抗原浓度显著相关(图2)。2)．IL-10和IP-10相关性最强，RAGE与IL-10和IP-10相关性中等。经多次比较校正后，其他生物标志物与n抗原浓度无显著相关性。所有测量的血浆蛋白、细胞因子和趋化因子在病毒n抗原四分位的分布显示在附加文件中1:表S3。血浆n抗原水平与炎症(c反应蛋白[CRP]、乳酸脱氢酶[LDH]和铁蛋白)或凝血功能失调(d -二聚体)的早期临床实验室标志物(D0或D1)之间也没有相关性。

n抗原与临床结果的关系

接下来，我们测试了D0时血浆n抗原浓度与一周内临床状态之间的关系，该关系由改良的WHO 5点顺序量表定义(见方法)。256名参与者中有254人完成了一周的结果数据。两名参与者在一周前被转移到另一家医院，随后的临床状况未知。在研究入组一周后，35名临床状态较差的参与者的血浆n抗原浓度明显高于稳定或改善的参与者(4507 [IQR 1225-9665] pg/mL vs. 483 [IQR 15-3811] pg/mL, p = 0.0003，图。3.a).在比例概率模型与修正的序数结果(附加文件1:表S1)，在未调整(OR 1.05, 95% CI 1.03-1.07)和完全调整(OR 1.05, 95% CI 1.02-1.08)模型中，D0血浆n -抗原浓度每增加500 pg/mL与较差的一周结局显著相关(表S1)2)．168名参与者在入组时未入住ICU，其中40人随后入住ICU。我们检测了这些参与者中D0血浆n抗原与他们住院期间任何ICU入院之间的相关性。曾入住ICU的患者血浆N-抗原浓度中位数为4697 (IQR 482-10,410) pg/mL，而从未入住ICU的128名患者中位数为471 (IQR 18-3142) pg/mL (p= 0.0001，图3.b).受试者血浆n抗原浓度每增加500 pg/mL，未调整OR为1.08 (95% CI 1.04-1.12)，完全调整OR为1.16 (95% CI 1.07-1.25，表2)申请加护病房。

在28天，22名参与者进行了机械通气，23人死亡，199人仍然住院，没有插管，或活着出院，没有机械通气，12人在28天被转移到另一个急性设施，情况不明。在有完整28天预后数据的参与者中，28天机械通气的患者D0 n -抗原中位浓度为4413 (IQR 432-12,941) pg/mL，而存活且无创通气的患者中位浓度为574 (14-3811)pg/mL (p= 0.018，图3.c).虽然死亡参与者的D0病毒n抗原浓度在数值上高于28天存活的参与者(1225 [IQR 135-7105] pg/mL)，但这种差异没有统计学意义(651 [IQR 15-4404] pg/mL，p= 0.28，图3.d)。

受试者血浆n抗原浓度每增加500 pg/mL，未调整OR为1.04 (95% CI 1.01-1.06)，完全调整OR为1.03 (95% CI 1.00-1.05，表2)进行机械通气。n抗原浓度每增加500 pg/mL，未调整OR为1.01 (95% CI 0.98-1.03)，调整OR为0.99(0.96-1.02)。

高D0血浆n抗原的预后鉴别

我们测试了D0时体外定义的高血浆n抗原浓度(1000 pg/mL或以上)临界值对风险分层的预后效用。为了产生敏感性/特异性和受试者工作曲线下面积(AUROC)，一周结果使用比入组时更好或更差的有序量表的二分结果。ICU和28天机械通气或死亡结局与上述回归模型相同。46%的参与者D0血浆n抗原浓度为1000 pg/mL或更高。每种临床结果的敏感性、特异性、阴性预测值和阳性预测值(NPV和PPV)见表3.．在补充结果(附加文件)中可以找到通过最佳约登指数对每个结果的内部推导截断值的预后鉴别性的比较，以及在多变量模型中与每个结果相关的内部推导的特定结果截断值的优势比1:表S4, S5)。对于28天机械通气的结果，内部推导的截止值优于外部推导的截止值。对于其他结果，内部推导的临界值仅略微改善预后区分或与1000 pg/mL无统计学差异。

本研究结果支持了测量血浆中SARS-CoV-2核衣壳抗原水平作为检测病毒产物传播到血液中的可靠方法的潜在价值，这种传播对临床结果具有生物学相关性和预后价值。血浆病毒n抗原浓度作为COVID-19的致病性和预后生物标志物，比血浆病毒RNA有几个优势。先前的研究发现，在汇总估计中，SARSCoV-2 RNA的可检测率约为10-34% [17，26];提高检测灵敏度可能需要先进的实验室技术，而这些技术很难应用于临床[39］．尽管血浆RNA在一些研究中与临床结果相关，但它也最容易在重症患者中检测到[12，18，19，25，40]，限制了SARS-CoV-2 RNA在早期或非危重疾病患者中的预后效用。相比之下，在我们的研究中，85%的研究参与者中检测到血浆n抗原，在入组前症状14天或更少的参与者中检测到血浆n抗原的比例为91%，这与之前的研究结果一致[13，27，28，41］．在各种疾病严重程度的血浆中也可检测到n抗原，在入选时没有机械通气的研究参与者中检测到n抗原的趋势更高，可能是因为这些患者症状持续时间较长或之前接受了抗病毒治疗。

虽然血浆SARS-CoV-2 RNA浓度通常与炎症和血管损伤标志物有关[12，19]，我们发现血浆n抗原水平与炎症(IL-6、IL-8、sTNFR-1)、凝血(蛋白C)和内皮损伤(Ang-2)标志物相关性较弱或无相关性。同样，n抗原水平与作为临床护理的一部分测量的炎症和凝血异常标志物(LDH，铁蛋白，CRP和d -二聚体)无关。然而，n抗原水平与RAGE、IL-10和IP-10相关。D0 RAGE升高，I型肺细胞损伤的标志[42，43]，支持了最近的证据，即COVID-19的发病机制可能由肺泡上皮损伤介导[44]，可能是后续内皮损伤和炎症反应的早期前哨事件[1］．先前的研究还发现，与其他呼吸衰竭原因相比，IP-10和IL-10作为病毒感染(包括COVID-19)的生物标志物更具特异性[45］．n抗原与IL-10之间的联系是否反映了一种适当的代偿反应，以减轻免疫介导的组织损伤[46]或SARS-CoV-2抑制宿主清除病毒的适应性特征[47]需要进一步研究。

在该队列中，当前吸烟者的基线血浆n抗原浓度显著低于非吸烟者或前吸烟者。这些差异不能用年龄或合并症等基线特征的差异来解释，症状出现前的持续时间也没有显著差异。吸烟者以男性为主，在我们的队列中，男性的病毒抗原浓度低于女性，这可以部分解释所观察到的差异。在我们的队列中，吸烟者的绝对人数很少，约占样本的9%，低于美国成年吸烟者的百分比，但与旧金山的成人吸烟率相似[48，49］．尽管如此，这些结果与吸烟者患严重COVID-19风险较低的报告一致[50］．

除了对COVID-19生物学的深入了解外，这项研究的结果还表明血浆n抗原水平在临床预后中的重要作用。我们的结果表明，早期血浆n抗原水平可能有助于临床恶化的风险分层(一周和ICU入院时的临床恶化)。血浆中病毒n抗原水平与机械通气之间未调整的相关性具有统计学意义，但完全调整的相关性未达到统计学意义的阈值，尽管存在显著的相关性趋势。虽然我们没有观察到高抗原水平与死亡率之间的关联，但我们注意到我们的队列相对年轻，中位年龄为57岁。在年龄较大且死亡率较高的队列中，或随访时间超过28天的队列中，可能会观察到n抗原浓度与死亡率之间的关联。高n抗原浓度对不良临床结果的敏感性大于特异性。重要的是，低n抗原浓度对不良结果具有良好的阴性预测价值。这些发现表明，除了临床信息外，患者住院期间早期的血浆n抗原浓度可用于识别那些不太可能发展为严重疾病或死亡的患者。血浆n抗原浓度可在数小时内测量，在随机单克隆抗体试验中抗原水平差异治疗反应的证据背景下，它可能是联合预后和预测性临床试验丰富的有价值的生物标志物[13，51］．

我们研究的优势包括前瞻性纳入具有不同疾病严重程度的多样化观察队列。与其他关于血浆中n抗原水平的研究相比，我们的结果是定量的[37］．研究参与者在临床和生物学上都表现良好。研究参与者来自三级护理中心和安全网医院，我们的研究人群接受的治疗反映了大流行期间不断变化的护理标准。

我们的研究也有局限性。虽然我们的研究结果深入了解了循环SARS-CoV-2病毒抗原的临床和生物学重要性，但它并不能解释为什么更严重疾病的患者血浆n抗原水平会升高。可能的机制包括病毒在肺中不受控制的复制、肺泡上皮-毛细血管屏障的破坏、上呼吸道和下呼吸道受感染上皮细胞的凋亡以及循环白细胞的直接感染[52］．驱动系统病毒抗原传播的机制的特征和这些机制的治疗意义是必要的。入组前的症状持续时间没有限制，一些参与者是从另一家医院转来的，这可能会混淆入组血浆SARS-CoV-2 n抗原水平与初始疾病严重程度之间的关系。此外，我们的研究对象相对年轻。在我们的研究人群中，delta和omicron变体和omicron亚变体的表现不太可能，因为登记的时间轴是在这些变体在北美广泛流行之前。也有可能由于转移到其他机构的研究参与者，约5%的28天结果数据缺失导致了结果的偏倚。与完全随访的患者相比，转移的患者有更高的基线和1周严重程度，n抗原水平更有可能高于1000 pg/mL的临界值。这可能会使28天的结果数据偏向null。最后，预后鉴别的截止值仅能产生假设，需要在其他队列中进一步验证。

总之，在COVID-19患者的血浆中，可以很容易地测量SARS-CoV-2 n抗原水平，而不依赖于基线疾病严重程度。结合其他血浆生物标志物，特别是血浆RAGE水平升高，n抗原水平为COVID-19肺炎的发病机制提供了重要的生物学见解，可能强调肺泡上皮细胞损伤的作用。此外，在住院后不久测量n抗原水平可以改善临床使用和丰富临床试验的风险分层。

本研究中使用和/或分析的数据集可根据合理要求从通讯作者处获得。

Ang-2:

Angiopoietin-2

AUROC:

接收机工作曲线下的面积

体重指数:

身体质量指数

CKD:

慢性肾病

c反应蛋白:

c反应蛋白

彗星:

COVID-19多表型治疗有效

HFNO:

高流量鼻氧

加护病房:

重症监护室

IL:

白介素

IMPACC:

COVID-19队列的免疫分型评估

知识产权:

干扰素诱导蛋白

LDH:

乳酸脱氢酶

净现值:

负预测值

PPV:

阳性预测值

愤怒:

晚期糖基化终产物sTNFR-1受体:可溶性肿瘤坏死因子受体1

人:

世界卫生组织

MV:

有创机械通气

我们感谢COMET联盟的成员。未被列为作者的成员的姓名和隶属关系在附加文件中提供1．我们也感谢博士。来自IMPACC蛋白质组学核心的Benoit Fatou, Kinga Smolen, Hanno Steen, Patrick van Zalm和Arthur Viode分享了他们在质谱检测方面的数据。

COMET联盟成员和附属机构

由美子Abe-Jones:加州大学旧金山分校医院医学部。Alexander Beagle:美国加州大学旧金山分校医学系。Sharvari Bhide:加州大学旧金山分校扎克伯格总医院和创伤中心医学部肺和重症监护医学部。Gabriela K. Fragiadakis:美国加州大学旧金山分校风湿学系医学系，加州大学旧金山分校CoLabs，加州大学旧金山分校Bakar ImmunoX项目，加州大学旧金山分校，加州94143。Ana Gonzalez:加州大学旧金山分校扎克伯格旧金山总医院和创伤中心医学部肺和重症监护医学部。Omid Jamdar:海伦·迪勒家族综合癌症中心，加州大学旧金山分校，美国。诺曼·琼斯:核心免疫实验室。美国加州大学旧金山分校实验医学部。Tasha Lea:美国加州大学旧金山分校病理科。Carolyn Leroux:美国加州大学旧金山分校医学系肺与重症监护医学部。 Jeff Milush: Core Immunology Laboratory. Division of Experimental Medicine, University of California San Francisco, California, USA.Logan Pierce: Division of Hospital Medicine, University of California, San Francisco, California. Priya Prasad: Division of Hospital Medicine, University of California, San Francisco, California. Sadeed Rashid: Helen Diller Family Comprehensive Cancer Center, University of California, San Francisco, CA, USA. Nicklaus Rodriguez: Helen Diller Family Comprehensive Cancer Center, University of California, San Francisco, CA, USA. Austin Sigman: Division of Pulmonary and Critical Care Medicine, Department of Medicine, University of California San Francisco, San Francisco, California, USA. Luz Torres Altamirano: Helen Diller Family Comprehensive Cancer Center, University of California, San Francisco, CA, USA. Alyssa Ward: Division of Rheumatology, Department of Medicine, University of California San Francisco, San Francisco, California, USA. Michael Wilson: Weill Institute for Neurosciences, Department of Neurology, University of California, San Francisco.

该项目部分由美国国立卫生研究院(U19AI077439，支持NIAID COVID-19队列免疫分型评估[IMPACC]网络的UCSF部分)资助，部分由基因泰克(TSK-020586)资助。

作者及隶属关系

1. 心血管研究所，加州大学旧金山分校，帕纳萨斯大道503号，HSE 760，旧金山，CA, 94143，美国

   Katherine D. Wick, Aleksandra Leligdowicz, Viet Nguyen, Deanna Lee, David J. Erle, Prescott G. Woodruff, Carolyn S. Calfee和Michael A. Matthay

2. 加拿大安大略省伦敦市西部大学医学系、微生物学和免疫学系重症监护科

   Aleksandra Leligdowicz

3. 加拿大安on伦敦西部大学罗伯特研究所

   Aleksandra Leligdowicz

4. 美国加州大学旧金山分校医学系肺与重症监护医学部

   Andrew Willmore, Sidney A. Carrillo, Rajani Ghale, Alejandra Jauregui, Suzanna S. Chak, Chayse Jones, Prescott G. Woodruff和Carolyn S. Calfee

5. 美国旧金山，加州大学旧金山分校，扎克伯格旧金山总医院和创伤中心医学部，肺和重症监护医学科

   阮越，迪安娜·李和卡罗琳·m·亨德里克森

6. 病毒分离和血清学实验室，应用和发展理事会，弗雷德里克国家实验室，弗雷德里克医学博士，美国

   罗宾·杜瓦

7. 美国贝塞斯达国立卫生研究院国家过敏和传染病研究所临床研究部

   H.克利福德·莱恩

8. 加州大学旧金山分校医院医学系，美国加州旧金山市

   柯尔斯顿·n·科格拉瑞斯

9. 美国加州大学旧金山分校医学院医学系肾内科

   凯瑟琳·d·刘

10. 美国加州大学旧金山分校医学院麻醉系重症监护医学科

    凯瑟琳·d·刘

11. 美国密苏里州圣路易斯华盛顿大学重症监护室麻醉科

    Pratik Sinha

12. 美国密苏里州圣路易斯华盛顿大学医学院临床与转化研究部

    Pratik Sinha

13. 加州大学旧金山分校肺生物学中心，旧金山，CA，美国

    大卫·j·厄勒

14. ImmunoX项目，加州大学旧金山分校，美国

    David J. Erle和Matthew F. Krummell

15. UCSF CoLabs，加州大学旧金山分校，美国加州旧金山

    大卫·j·厄勒

16. 美国加州大学旧金山分校传染病科

    查尔斯·r·兰杰利尔

17. 陈-扎克伯格生物中心，加州大学旧金山分校，美国加州旧金山

    查尔斯·r·兰杰利尔

18. 美国加州大学旧金山分校医学系和检验医学系

    马修·f·克鲁梅尔

19. 美国加州大学旧金山分校麻醉科

    Michael A. Matthay

财团

贡献

CSC, AL, MAM和KDW构思并设计了这项研究。KDW进行了数据分析，撰写了手稿的初稿，并创建了图表。AW是主要的数据管理器。SC是主要的项目经理。RG、AJ、SSC、VN和DL为研究协调人。CJ进行了非病毒蛋白质生物标志物测量。RD和HCL进行核衣壳测量。PS对研究设计做出了贡献，并提供了重要的修订。KNK, CMH和KDL担任医师领导。AL, DJE, CRL, MFK和PGW是COMET执行委员会的成员，他们审查并批准了本文的提交。 All authors critically reviewed the manuscript and approved the submission. All authors read and approved the final manuscript.

相应的作者

对应到凯瑟琳·d·维克．

伦理批准并同意参与

这项研究得到了加州大学旧金山分校机构审查委员会、IRB 20-30497以及COMET和IMPACC科学领导委员会的批准。从研究参与者或指定的代理决策者那里获得知情同意。机构审查委员会授予因研究期间死亡或在三次尝试后无法联系到参与者或其代理人而无法获得直接同意的研究参与者放弃同意。

发表同意书

不适用。

相互竞争的利益

除以下项目资助外，作者还宣布:KDW获得了NIH 5T32GM008440-24的资助。AL、DJE、CRL、MFK和PGL担任COMET执行委员会成员。RD获HHSN261201500003I资助。CMH得到了NIH NHLBI 5K23HL133495和DOD W81XWH-171-0631的支持。KDL从AM Pharma、Biomerieux、BOA Medical、Neumora、Seastar等公司收取咨询费，并持有Amgen的股份。PGW从Genentech获得COVID-19研究的赠款资金，并从赛诺菲、Regeneron、阿斯利康、格伦马克制药和Theravance获得咨询费。CSC获得了NIH的资助支持，并报告了罗氏/基因泰克和拜耳的资助和个人费用，以及夸克制药、Gen1e生命科学、Vasomune、Quantum Leap医疗保健协作、Janssen和Cellenkos的个人费用。MAM获得NIH/NHLBI R35HL140026、NIH/NIAID OT2HL156812、Genetech-Roche和Quantum对ispi - ards的资助，以及Citius、诺华、强生、吉利德和Pliant的顾问费。AW, SAC, RG, AJ, SSC, VN, DL, CJ, HCL和PS没有竞争利益需要披露。

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