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大理石纹小龙虾和高贵小龙虾肝胰脏转录组的从头组装和注释数据集

BMC研究笔记体积15文章编号:281（2022）引用这篇文章

一个研究文章本文发表于2022年8月22日

摘要

目标

小龙虾鼠疫，由卵菌病原体引起丝囊霉属astaci这是淡水小龙虾生物多样性面临的最大风险之一。这篇数据文章涵盖了尊贵小龙虾和大理石小龙虾的从头转录组组装和注释数据Ap. astaci．在受控感染实验之后(Francesconi等人在《环境科学前沿》，2021年，https://doi.org/10.3389/fevo.2021.647037)，我们进行了差异基因表达分析(bovtjaniich等人在BMC Genom, 2022，https://doi.org/10.1186/s12864-022-08571-z）

数据描述

共选出25只高贵小龙虾和30只大理石纹小龙虾。分离肝胰脏组织，使用Illumina NovaSeq 6000平台进行RNA测序。使用FastQC检查原始数据的质量，使用Trimmomatic进行适配器和质量修整，然后使用Trinity进行从头组装。用BUSCO法对尊贵小龙虾和大理石纹小龙虾的装配质量进行了评价，装配完整性分别为93.30%和93.98%。文本使用Dammit!并分配到KEGG通路。各自的转录组和原始数据集可以用作未来表达研究的参考转录组集。

客观的

淡水小龙虾是淡水生境的重要物种[1，2，3.］．欧洲淡水小龙虾生物多样性丧失的主要原因之一是引入了极具竞争力的北美入侵小龙虾物种，它们是破坏性疾病小龙虾鼠疫的携带者。4］．这种病是由卵菌病原体引起的丝囊霉属astaci［5］．高贵的小龙虾，一种濒危的欧洲淡水的象征物种，被认为对病原体高度敏感[6］．另一方面，起源于北美的单性生殖物种大理石小龙虾是这种病原体的已知携带者[7］．在[1，大理石纹小龙虾已被证明对两种病毒具有高度抵抗力答:astaci毒力不同的菌株，单倍群B菌株(Hap B;高毒力)和单倍群A (Hap A;低毒性)。同时，在相同的实验装置中，确认了尊贵小龙虾的敏感性，特别是对致命的Hap B菌株。在实验过程中，分别于:3 dpi、21 dpi对两种种的个体进行采样，分析感染个体的基因表达模式。这项研究的结果载于[2］．

在这里，我们报告了来自尊贵小龙虾和大理石纹小龙虾肝胰脏的大量RNA测序数据(55个样本)，以及它们重新组装和注释的转录组。这些数据可以深入了解这两个物种的生物学，并将允许未来的比较转录组分析。本文提供的数据集也可作为未来大理石纹小龙虾和高贵小龙虾的转录组学研究以及基因特异性引物和表达分析的开发的参考转录组。数据集来自尊贵小龙虾和大理石纹小龙虾的感染答:astaci分子生物学家、免疫学家、生物信息学家、进化生物学家和其他对淡水小龙虾的先天免疫感兴趣的人可能会感兴趣。

数据描述

数据描述

这里报告的数据代表来自答:astaci受感染的尊贵小龙虾和大理石纹小龙虾个体[1］．每个样本都代表一个生物复制品，来自不同的个体。贵族小龙虾和大理石纹小龙虾的肝胰腺分别产生了243070万条和309820万条2 × 150 bp的对端reads(读取深度36.8 M ~ 68.9 M，平均48.59 M) [8］．经低质量reads处理后，贵族小龙虾和大理石纹小龙虾分别保留了2.2276亿条(占原始reads的91.64%)和2.9268亿条(占原始reads的94.46%)优质序列[9］．原始读取数据可在NCBI数据库中获得，编号为SRA登录号:SRP318523 [8］．

方法

新生转录组组装

从合并的Trinity de novo转录组集合中，我们获得了高贵小龙虾的670,741个转录本(44,062个orf)和大理石小龙虾的11,333,173个(46,953个orf)转录本．在组装后处理中，经过对片段转录本过滤后，贵族小龙虾还剩下168,172 (44,062 orf)和348,751 (46,953 orf)转录本[10和大理石小龙虾，分别为(11］．用CD-HIT-EST进行冗余处理后，高贵小龙虾和大理石纹小龙虾共保留109,608个基因和254,336个基因，分别。对最终装配的BUSCO分析显示，这两个装配的完整性水平都很高，贵族小龙虾的完整性为93.30%，而石纹小龙虾arthropoda_odb10数据库的同源性为93.98% (n = 1013)。通过对淡水小龙虾转录组BUSCO评分的比较分析，贵族小龙虾和大理石纹小龙虾的转录组组合是迄今为止最完整的淡水小龙虾转录组组合[12］．转录本的长度分布在贵族小龙虾的401 ~ 32629之间，大理石小龙虾的401 ~ 32816之间，两种小龙虾的转录本长度分布在401 ~ 500bp之间，数量最多[13］．简单序列重复序列(simple sequence repeats, SSRs)的单位长度范围为1 ~ 12，其中贵族小龙虾以1 bp的SSRs最多，大理石纹小龙虾以2 bp的SSRs最多[13］．

转录组注释

利用TransDecoder建立基因模型，预测尊贵小龙虾和大理石纹小龙虾的编码区分别为67196和102871个，分别。总共有46,819个(69.7%)和74,321个(72.2%)具有预测编码区域的转录本在Dammit!当结合所有对高贵小龙虾和大理石小龙虾的搜索命中值时，管道，分别为(13］．注释特征包括在OrthoDB、Pfam、UniRef90、Rfam和reference中推定的核苷酸和蛋白质匹配水蚤pulex蛋白质组。

作为功能注释的另一种方法，转录本被映射到参考规范KEGG数据库。贵族小龙虾的13336个转录本被映射到426个通路上，大理石小龙虾的17309个转录本被映射到425个通路上[14］．在这两种表达途径中，转录本数量最多的是代谢途径、次生代谢物的生物合成、不同环境下的微生物代谢和神经退行性变途径。详细的方法方案可查阅[15］．

限制

转录组学数据使我们能够探索小龙虾免疫的基因表达格局，并识别关键基因。然而，对基因表达谱有很大影响的基因组位置和基因环境信息仍然没有得到。在未来的工作中，通过将这些数据与长时间读取的测序数据耦合，来识别在不同实验条件下表达的剪接变体，可以提高转录组的质量。此外，转录组学研究不能解决真正的蛋白质丰度，因为基因表达谱的变化并不总是与蛋白质丰度的变化相关。

数据和材料的可用性

本数据说明中描述的数据可以在NCBI SRA、NCBI TSA和Figshare上自由和公开访问。请参见表

表1数据文件/数据集概述
全尺寸表

1和引用(8，9，10，11，12，13，14，15]查阅详情及有关资料的连结。

缩写

英国石油公司:

碱基对

车身:

通用单拷贝矫形仪的基准测试集

Dpi:

感染后的天

地理:

基因表达综合

机会:

Haplogroup一

Hap B:

Haplogroup B

KEGG:

京都基因和基因组百科全书

NCBI:

国家生物技术信息中心

子:

开放阅读框

OrthoDB:

直接同源数据库

包含了:

蛋白质数据库的家庭

Rfam:

RNA家庭数据库

SSRs:

单一序列重复

UniRef90:

UniProt参考集群

参考文献

  1. Francesconi C, Makkonen J, Schrimpf A, Jussila J, Kokko H, Theissinger k丝囊霉属astaci提供了淡水小龙虾潜在感染和耐药性的额外证据。环境科学前沿2021;。https://doi.org/10.3389/fevo.2021.647037．

    文章谷歌学术搜索

  2. boitjaniich LL, Francesconi C, Rutz C, Hoffbeck L, Poidevin L, Kress A，等。宿主-病原体共同进化驱动先天免疫应答丝囊霉属astaci淡水小龙虾的感染:转录组学证据。BMC染色体组。2022;。https://doi.org/10.1186/s12864-022-08571-z．

    文章谷歌学术搜索

  3. 小龙虾在淡水和陆地生境中的生态作用。Freshw龙虾。2013;19:197 - 218。

    谷歌学术搜索

  4. 霍迪奇DM，雷诺兹JD，索蒂-格罗塞特C，西布里PJ。非本土小龙虾物种对欧洲小龙虾威胁日益增加的综述。海洋生态系统，2009。https://doi.org/10.1051/kmae/2009025．

    文章谷歌学术搜索

  5. 奥德曼DJ。甲壳类细菌和真菌疾病的地理传播。世界高等科学技术学院。1996; 15:603-32。https://doi.org/10.20506/rst.15.2.943．

    中科院文章谷歌学术搜索

  6. Becking T, mrugaesa A, Delaunay C, Svoboda J, Raimond M, Viljamaa-Dirks S，等。实验暴露对不同毒力的影响丝囊霉属astaci高贵小龙虾免疫反应的菌株Astacus Astacus．中华传染病杂志2015;132:115-24。https://doi.org/10.1016/j.jip.2015.08.007．

    中科院文章PubMed谷歌学术搜索

  7. Keller NS, Pfeiffer M, Roessink I, Schulz R, Schrimpf A.石纹小龙虾种群中小龙虾鼠疫因子的首次证据(Procambarus fallax福马virginalis)。Knowl Manag Aquat生态系统。https://doi.org/10.1051/kmae/2014032．

    文章谷歌学术搜索

  8. 博茨扬尼基LL弗朗切斯科尼C鲁兹C霍夫贝克L波德文L克雷斯等。黄曲霉成虫肝胰脏RNA-seq和处女原螯虾成虫肝胰脏RNA-seq 2022;NCBI序列读取档案:https://identifiers.org/insdc.sra:SRP318523．

  9. 博茨扬尼基LL弗朗切斯科尼C鲁兹C霍夫贝克L波德文L克雷斯等。Bostjancic_et_al_Data_set_2_Data_note。2022;Figshare:https://doi.org/10.6084/m9.figshare.15029001．

  10. 博茨扬尼基LL弗朗切斯科尼C鲁兹C霍夫贝克L波德文L克雷斯等。TSA: Astacus Astacus，转录组霰弹枪组装。2022;NCBI TSA:https://identifiers.org/nucleotide:GJEB00000000.1．

  11. 博茨扬尼基LL弗朗切斯科尼C鲁兹C霍夫贝克L波德文L克雷斯等。TSA:弗吉尼亚原螯虾，转录组霰弹枪组装。2022;NCBI TSA:https://identifiers.org/nucleotide:GJEC00000000.1．

  12. 博茨扬尼基LL弗朗切斯科尼C鲁兹C霍夫贝克L波德文L克雷斯等。Bostjancic_et_al_Data_set_5_Data_note.tif 2022;Figshare:https://doi.org/10.6084/m9.figshare.15028644．

  13. 博茨扬尼基LL弗朗切斯科尼C鲁兹C霍夫贝克L波德文L克雷斯等。Bostjancic_et_al_Data_set_6_Data_note.tif 2022;Figshare:https://doi.org/10.6084/m9.figshare.15031779．

  14. 博茨扬尼基LL弗朗切斯科尼C鲁兹C霍夫贝克L波德文L克雷斯等。Bostjancic_et_al_Data_set_7_Data_note.tif。2022;Figshare:https://doi.org/10.6084/m9.figshare.15031773．

  15. 博茨扬尼基LL弗朗切斯科尼C鲁兹C霍夫贝克L波德文L克雷斯等。Bostjancic_et_al_Data_set_8_Data_note.tif 2022;Figshare:https://doi.org/10.6084/m9.figshare.15031776．

下载参考

确认

我们感谢BIGEst平台的信息支持。

作者对Dr. Clement Schneider和Alexandra Schmidt的有益建议表示感谢。我们也要感谢Jorg Rapp在服务器管理方面的支持。

资金

这项工作得到了IdEx Unistra在法国政府“未来投资”项目框架下的支持，以及国家科学研究中心和Université斯特拉斯堡K.T.和M.B.获得了LOEWE翻译生物多样性基因组学中心(TBG)的RNA测序种子基金。

作者信息

作者指出

  1. 珍妮Makkonen

    目前地址:生物安全-生物安全解决方案，Microkatu 1,70210, Kuopio，芬兰

  2. 博斯克和弗兰切斯科尼也有同样的贡献

作者和联系

  1. LOEWE转化生物多样性基因组学中心(LOEWE- tbg)，森肯堡生物多样性和气候研究中心(SBiK-F)， george - voigt - str。德国美因河畔法兰克福，60325,14-16

    Ljudevit Luka bovtjaniic, Barbara Feldmeyer, Miklós Bálint & Kathrin Theissinger

  2. 科布伦茨-朗道大学环境科学研究所，德国朗道堡路7,76829

    Caterina Francesconi, Klaus Schwenk和Kathrin Theissinger

  3. 计算机科学系umr 7357斯特拉斯堡研究中心Biomédecine斯特拉斯堡ICube，斯特拉斯堡，CNRS, Rue Eugène Boeckel 1,67000，法国斯特拉斯堡

    Christelle Rutz, Lucien Hoffbeck, Laetitia Poidevin, Arnaud Kress & Odile Lecompte

  4. 东芬兰大学环境与生物科学系，邮箱1627,70210，库奥皮奥，芬兰

    Japo Jussila和Jenny Makkonen

作者
  1. Ljudevit卢卡Boštjanč我ć
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  2. Caterina弗兰切斯科尼
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  3. Christelle Rutz
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  4. 吕西安Hoffbeck
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  5. 莱提纱Poidevin
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  6. Arnaud克雷斯
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  7. Japo Jussila
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  8. 珍妮Makkonen
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  9. 芭芭拉Feldmeyer
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  10. 米克罗斯Balint
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  11. 克劳斯Schwenk
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  12. 至理名言勒孔特
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  13. 凯瑟琳Theissinger
    看来作者出版物

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贡献

Kt cf jj jm。概念化;LjLB, AK, CR.数据管理;LjLB, CF, CR, LH, LP。正式的分析;KT、MB.融资收购;Cf jj jm kt。调查;LjLB, OL, CR, LH, LP, BF。方法; KT. Project administration; KT, OL, MB. Resources; AK, LjLB, CR. Software; OL, KS, KT, M.B. Supervision; OL, KT, CF, LjLB. Validation; LjLB, CR. Visualization; LjLB, CF. Roles/Writing—original draft; LjLB, CF, KT., OL, CR, LH, LP, AK, JJ, JM, KS, BF, MB. Writing—review & editing. All authors read and approved the final manuscript.

相应的作者

对应到Caterina弗兰切斯科尼．

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不适用。

同意出版

不适用。

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博茨扬尼基，l.l.，弗兰切斯科尼，C，鲁兹，C。et al。大理石纹小龙虾和高贵小龙虾肝胰脏转录组的从头组装和注释数据集。BMC Res笔记15281(2022)。https://doi.org/10.1186/s13104-022-06137-6

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关键字

  • 淡水小龙虾
  • Astacus Astacus
  • Procambarus virginalis
  • 小龙虾瘟疫
  • RNA序列

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ISSN: 1756 - 0500

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