该数据集的目的是捕捉C4 panacoid草高粱完全展开的第三叶的完整日(即每日)转录组(高粱二色的)、玉米(玉米)、谷子(Setaria italicaRNA-seq转录组分析。这些数据是一个更大项目的基础，该项目研究了这些作物植物中基因表达网络的保守性和差异性。该数据集中于基因表达的时间变化，以确定负责植物生长和代谢活动的日常调节的网络结构。该数据集的强大之处是良好的时间分辨率与多日连续采样相结合。
数据集为72个RNA-seq样本，分别代表高粱、玉米和谷子在光照和黑暗等间隔的生长室中培养的24个时间过程样本。24个样本以3小时为间隔进行分离，因此数据集是每个植物类型叶片中基因表达的72小时精细分析。Illumina测序的FASTQ文件可在国家生物技术信息序列阅读档案中心获得。
该数据集的目的是在C4 panacoid草和高粱中识别具有日(即每日)调控模式的转录本。高粱二色的)、玉米(玉米)、谷子(Setaria italicaRNA-seq转录组分析。这些数据是一个更大项目的基础，该项目研究了高粱、玉米和谷子之间的生物钟和昼夜基因表达网络及其局部DNA调控元件的守恒和分歧[1］．激励项目的工作假设是通过进化保留了关键的监管特征。因此，这些特征可以通过寻找相关但进化上遥远的植物物种之间共享的转录组属性来发现。该数据集的强大功能是结合了精细的采样时间分辨率和72小时内的连续采样。之所以研究高粱、玉米和谷子，是因为它们都属于禾草科，能够进行C4光合作用，是世界上主要的作物植物。该数据集中于基因表达的时间变化，以确定植物生长和代谢活动日常调节的网络结构。
数据集为72个RNA-seq样本(表1)代表高粱(BTx623自交系)、玉米(B73自交系)和谷子(玉谷1系)在12 h光照下(440 μmol m)的生长室中分别培养的24个完全扩张的第三叶样品−1年代−1由凉爽的白色荧光灯泡提供的光合活性辐射)和12小时黑暗15天(高粱、玉米)或20天(谷子)。光照期为26-28°C，黑暗期为22°C。每隔3小时采样一次，共72小时。采样从第一个采集日开始开灯后3小时开始。从样品中提取的总RNA的质量由Bioanalyzer (Agilent)确认。链特异性RNA-seq文库由mRNA构建，通过poly(A)选择从总RNA中分离，如前所述[2］．在位于纽约州伊萨卡市威尔康奈尔医学院的Illumina测序基因组学资源核心设施，使用Illumina HiSeq 2500测序技术对多个文库进行了50个周期(PE50)的配对端测序。高粱、玉米和谷子样本的平均总reads/ mapping reads分别为21,909,425/18,716,318、20,791,418/15,401,114和21,482,551/20,177,538。来自Illumina测序的72个解复用FASTQ文件存放在国家生物技术信息中心(NCBI)序列读取档案，登录号为PRJNA616061。
这是幼苗(种植后15-20天)叶片组织的RNA-seq分析。在将转录组谱直接外推到其他组织和/或较老的植物时应谨慎。
这些植物是在一个生长室中，在凉爽的白色荧光灯下，在良好的温度控制下生长的。当与在自然阳光和温度下生长的植物进行比较时，应该考虑到这些条件。
RNA-seq设计的目标是从表达基因中捕获转录水平，而不是描述转录剪接变异的全部范围。
国家生物技术信息中心
配对端测序50个周期
赖旭，Bendix C，闫玲，张勇，Schnable JC, Harmon FG。对菊科草日间基因调控的种间分析确定了已知的和新的调控基序。BMC基因组学，2020;21:428。https://doi.org/10.1186/s12864-020-06824-3．
王玲，司毅，Dedow LK，邵毅，刘鹏，Brutnell TP。一种低成本的文库构建协议和数据分析管道illumina基于链特异性多重RNA-seq。PLoS ONE。2011.https://doi.org/10.1371/journal.pone.0026426．
赖X，等。对菊科草日间基因调控的种间分析确定了已知的和新的调控基序。序列读存档。http://identifiers.org/ncbi/insdc.sra:SRP254420(2020)。
不适用。
资助机构在研究设计、数据收集、分析和解释以及撰写手稿方面没有发挥任何作用。X.L:中国留学基金委奖学金。FGH:国家科学基金奖IOS1238048;美国农业部- ars CRIS项目2030-21000-039-00D。
CB进行了实验。YZ准备了RNA-seq库。XL和CB分析了数据。FGH和JCS设计了这项研究。所有作者都阅读并批准了最终的手稿。
不适用。
不适用。
作者宣称他们之间没有利益冲突。
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赖，X，本迪克斯，C，张，Y。et al。在3小时分辨率下，对玉米、高粱和谷子完全膨胀的第三叶进行72小时每日RNA-seq分析。BMC Res Notes14， 24(2021)。https://doi.org/10.1186/s13104-020-05431-5
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