如何在3.0版本发布新的真菌种类或名称

现在已经过去十年了国际真菌分类委员会(ICTF)概述了描述新真菌物种的需求和最佳实践。与此同时藻类、真菌和植物的国际命名规则(ICNafp)已从以前的名称(the国际植物学命名规则)，并就物种学名的有效发表提出新的正式要求，包括将特定于真菌在新的f章中，作为真菌处理的生物体也发生了同样具有变革性的变化，包括数据收集、数据传播和真菌学家可用的分析工具。本文对当前的发表要求进行了更新和扩展的讨论，并提供了描述新真菌物种和发表新名称的最佳实践，以及提高过去10年发展的相关元数据的可访问性。此外，我们提供:(1)不同真菌类群和环境的模型论文;(2)简化会议的清单(我) ICNafp关于确保新分类群名称的有效、有效和合法公布的规定，以及(2)最低限度可接受的描述标准;(3)编写标准化物种描述的模板。

学名是跨越许多使用领域传播生物信息的重要纽带。林奈命名体系是所有科学名称的核心，它可以追溯到18世纪。它的层次分类的核心原则早于现代进化和系统发育系统学的概念，但作为一种适应性强的直观系统，它被用来命名和分类生物多样性。利用拉丁语和拉丁化的古希腊语为物种使用双名，这是一种遗产，已被纳入新物种描述的要求，即命名规则。命名规则因生物类群而异，由国际授权机构制定。

相关的代码为真菌以及传统上被视为真菌的非真菌类群，如卵菌和黏菌藻类、真菌和植物的国际命名规则(ICNafp，或简称为the代码)．ICNapf在每年的命名科会议上进行修订，现在是六年一次国际植物学大会(IBC) -真菌组除外，其中仅适用于真菌组的变化形成一个单独的F章，该F章是在每四年一次的国际真菌学大会(IMC)。目前的ICNafp和F章分别是Turland等人的。(2018；https://www.iapt-taxon.org/nomen/main.php)和May等人。(2019)．

要使一个新名称得到有效发布并可供使用，有一些正式的(或“合法的”)要求是由代码，称为条款。例如，类型的指定伴随着诊断和/或物种的描述是由代码．类型指定用于将给定物种的名称与物理实体(标本、代谢不活跃的培养物，或在特殊情况下，一个插图)联系起来，选择它来代表该名称。然后，一个模式标本作为未来比较分析的标准。

除了遵循命名规则外，由代码，以及建议书所提出的建议，生物学家应全面记录新提出的物种，以方便用户识别和查阅数据。这些行为与命名法的形式要求不同，属于分类学的单独领域。因此，虽然分类学描述没有正式的规则，但在发表新分类群名称时，期刊编辑和审稿人应该遵守科学严谨性的社区标准。

国际真菌分类委员会(ICTF)在1987年首次发表了一篇论文，旨在为提出新物种的作者提供指导和最佳实践(Sigler和Hawksworth1987)，并于2010年更新(Seifert和Rossman2010)．本文的目的是为真菌学家提供最新的发表新物种的指南，包括:(1)变化代码；以及(2)自2010年以来出现的更新的最佳实践。我们将我们的工作重点分为两个方面:(我)的命名，为有效出版提供一套清晰的指引代码；和(2)分类法，提出了一组最低标准或最佳实践，我们建议这些标准或最佳实践用于出版物中的文档编制和向公共存储库提交数据。最后，我们提供了一个检查表，以确保出版物满足正式的命名要求和最佳实践，模型论文的例子，以及标准化新分类单元描述的模板。在分类学中，没有一套标准可以适用于所有真菌类群和所有情况，但作者有责任坚持为其分类学类群设定的标准，并证明偏离这些标准的合理性。通过本文提出的指导意见和建议，我们希望对真菌新分类群的有效、可接受和有用的名称的发表有所帮助。我们还打算推广与这些行动相关的易于获取的数据，以改善分类名称的使用，加速科学发现。

正式的需求

命名法的目标是通过一套国际公认的规则来稳定名称的使用代码。最近出版的代码是每个新的都必须遵循的吗代码或者在F章中，前一章就过时了。新规定代码也具有追溯力，除非具体受日期限制。有关菌类的规定已分别列于ICNafp的F章(https://www.iapt-taxon.org/nomen/pages/main/art_f5.html)．每次IMC结束后，修订的F章将在IMA的真菌它取代了之前的版本;最新的F章包括2018年7月在波多黎各圣胡安举行的IMC11上批准的变更(5月等)。2019)．F章中涉及真菌的具体细节包括批准(第2条)。F.3)，通过名单进行保护(第3条)。F.2.1)以及名称和分类法的注册(第2条)。中)。的代码是一个技术性很强的文档，但是提供了示例来演示其中包含的规则的应用。一般的叙述代码现在出版为解码的密码(Turland2019，https://ab.pensoft.net/article/38075/)，它提供了正式的解释性版本代码并包括真菌名称的例子。

最重要和相关的变化代码自从Seifert和Rossman (2010)，摘要如下:

1. (1）

   消除双重命名法．对一种真菌应用两个或多个学名不再被接受，包括对同一物种的不同变种使用不同的名称。然而，人们可以使用非正式的术语，如hypocrea-like sexual morph来描述一个新的物种木霉属(syn。Hypocrea)或类似结核的无性变种为一个新的物种丛赤壳属(syn。Tubercularia），而不是以前使用的通用名称Hypocrea而且Tubercularia。

2. （2）

   取消拉丁语要求。描述和/或诊断不再需要拉丁文，这些描述和/或诊断现在可以用英语或拉丁文，但不能用任何其他语言(第39.2条)。

3. （3）

   注册新奇的命名．命名的新奇性(例如，新的分类单元、替换名称或新的组合)必须伴随着从已由中国科学院指定的存储库中获得的标识号的引用真菌命名委员会(NCF)，并由IMC批准。每个发布的新名称必须有一个单独的标识符。因此，当一个新的属名与一个或多个新种同时发表时，每个新名(属和种)必须有单独的标识符(第13条)。F.5.1)。在撰写本文时，已获认可的资料库为真菌名称(http://www.fungalinfo.net/)、索引菌(http://www.indexfungorum.org)及MycoBank (https://www.mycobank.org)．只需从其中一个存储库中为每个命名新颖性获取一个标识符。引用注册标识符的标准方法是将数字放在相关存储库的名称之后，全名和/或首字母缩写(FN, IF或MB)，用空格隔开(参见下面的示例文稿模板)。

4. （4）

   新分类法的登记。自2019年1月1日起，对于先前描述的属或低于种级的分类单元，任何新的类型命名，如选择型划分、新型划分或典型划分，必须根据类型化法进行注册，并引用标识符。F.5.4)。

5. （5）

   培养真菌的类型。自2019年1月1日起，如果一种类型来自活的文化，保存方法必须明确表明为“非代谢活性”(第40.8条)，才能作为可接受的类型。

6. (6）

   交叉代码同音异义．同音异义词是指拼写完全相同的科、属或种的名称。如果一个名字是后来的同音词，它是非法的(第53条)。从2019年1月1日起，真菌的名称不仅必须避免与该法规所涵盖的其他生物的名称同音代码，但也要避免重复受其他代码管辖的原核生物或原生动物名称(第13条)。F.6.1)。

有效的、有效的、合法的出版物

为了便于使用，新分类单元的名称必须是“有效的”、“有效的”发表的和“合法的”。这三个词在命名术语中有确切的含义，在分类学手稿中不应以其他方式使用。这些术语的定义见代码以及在解码的密码(Turland2019)．

(1）有效的出版(艺术29-31)。．有效发表是指新分类单元名称可以发表的出版物种类。从2012年1月1日起，有效的出版可以包括仅在线格式的出版，但必须遵守某些要求，包括在线文档以可移动文档格式(PDF)提供，并具有国际标准序列号(ISSN)或国际标准书号(ISBN)，正如Turland (2019)．当在线发布时，我们不鼓励在补充材料中放置新奇的命名和新的分类，因为这些可能不容易被发现。此外，在线补充资料除非以PDF格式并明确链接到具有ISBN或ISSN的出版物，否则不能有效出版(第29.1条)。

（2）有效的出版(艺术32-45)。．一个新分类单元名称要有效发表，必须满足有效发表的要求，并满足现行分类单元名称有效发表的附加规定代码．这些规定包括正确指定正型或基名，以及名称注册。如果发布的名称无效(例如由于遗漏标识符)，则可以稍后验证该名称，然后将从验证时间起计算。名称无效是新名称最常见的问题，并且随后验证名称的过程可能很复杂。因此，建议密切关注有效发布的所有要求。注意，如果一个名称没有有效地发布，但已经在原语或存储库中颁发了一个标识符，那么它的后续验证需要一个单独的新标识符。

（3）合法的出版(第6条)．除了满足有效和有效发布的要求外，新名称还必须符合第6.5条的规定。不合法的名字包括同音异义词(即，一个名字的拼写与以前发表的名字完全相同)，或者一个新名字包含了以前发表的可用名字或应该采用的绰号的类型。

类型的指定

类型的指定，作为名称的物理引用，是有效出版的最重要方面之一(第40条)。分型的目的是固定名称的应用(第7.1条)，即为当代和未来的研究人员提供一个物种的参考，以便与其他活的和保存的标本进行直接比较。新物种必须包括一个名称正模标本标本和此标本必须存放在一个指定的机构。如果指定一个以上的真菌/植物标本室/培养集合用于正模，则名称无效。除正模外，在某些情况下还可适当指定其他类型的模式标本。同形像统计图是可存放在持有该正模的同一储存库中或最好存放在其他储存库中的正模的真实副本。Epitypes(第9.9条)可以指定并附加到现有的字体上，当原始字体材料缺乏足够的字符以明确识别时。在指定一个表型时，必须引用它所支持的类型。必须包括“此处指定”字样epitype,选型而且新型名称。类型选择的最佳实践将在下面单独讨论。

最佳实践

生物分类学是对物体或有机体进行分类的科学。它包括通过与已知类群进行比较来识别、描述和分类生物体。分类学最佳实践的目标是:(1)为当代和未来的工作者提供识别分类单元和在下游分析中使用相关数据所需的所有必要数据;(2)减少分类上多余名称发表的可能性。不像原核生物国际命名规则， ICNafp不要求描述应符合任何最低标准代码-符合标准的出版物(ICNP Rec.30;帕克等人。2019)．尽管如此，在将生物多样性信息、已发表的文献和在线数据库联系起来时，分类学家越来越多地扮演着中间人的角色。因此，他们负责交流他们的数据，以便它可以被验证，广泛共享，并被其他科学家使用。2020；Lücking等。2020)．在本节中，我们提出了最小的，最好是最大的公认标准的建议，这将允许任何已发表的研究及其分析的可重复性和重新检查。

在准备描述一个新的分类单元时，要采取的第一步，也许也是最重要的一步，是确保它没有已经存在的名称。重要的是要记住，人们不应该通过公共存储库中缺乏序列匹配来推断一个新物种。所描述的真菌物种中只有一小部分在公共资源库中被描述，并且根据不同的群体，估计有30%的这些序列可能被错误识别(Hofstetter et al.。2019)．对这一主题的详细讨论超出了本文的范围，尽管遵循本文和Dayarathne等人所建议的指导方针。2016)将减少产生多余同义词的可能性。

描述新物种

描述的关键要素是证明一个标本或培养物代表了一个不同于先前描述的物种。新物种的作者应该记住，传播新物种的目标是为当前用户和后代明确和明确身份。为了实现这一目标，最佳实践应包括:在可能的情况下，进行多个集合，以解释和描述一个物种内的表型变异，以及(适用的情况下)基因型变异;在可行的情况下，使用多种数据类型，以清楚划分物种;提供DNA条形码数据等工具，以促进快速识别。虽然不可能在所有情况下都坚持这些指导方针(Hawksworth2020)，作者应尽可能多地满足这些建议，以确保出版高质量和可发现的数据。

1. (1）

   集合数。在描述一个新物种时，最好包括多个标本或培养的分离株。在特殊情况下，例如稀有类群、来自高度专业化的生态位或偏远地区的类群、真菌化石或不可培养的微真菌，可能不可能进行多次收集。在这些情况下，建议作者提供多种证据，例如，包括多位点DNA分析、大体形态和用于新物种命名的生理或生化数据。作者还应通过提供例如所使用的抽样方法的信息来证明在试图获得额外材料方面的勤奋。在没有强有力的证据支持的情况下，不鼓励基于单一收集的神秘物种发表。

2. （2）

   这是一个新物种的最低限度的证据。新物种的假设，即使是那些有多个集合的假设，也应该有来自不止一种数据的证据来支持。这些可能包括但不限于以下任何一种:宏观和微观形态学，多位点DNA分析，代谢或蛋白质组学数据(例如，次级代谢物谱，同化数据，质谱)，生理学，生态学，生物地理学，交配研究，或分类单元特定的方法。单独的系统发育数据可能不足以作为指定新物种的证据，下面将进一步概述使用系统发育数据的建议。重要的是，不仅要合并不同的数据源，而且要记录真菌生命周期的不同阶段，特别是在具有复杂生命周期或多个变种的世系中。例如，对于无性物种，应提供在寻找有性生殖结构时尽职尽责的证据。

   在处理新鲜材料时，尝试在纯培养中分离真菌是一种很好的做法。这不仅是有价值的，因为培养物可以保存在培养物收藏中，从而可用于未来的实验工作，而且培养单个子囊孢子或担子孢子，例如，可能允许发现以前在原始收藏中未见过的变体。在一些分类群中，培养是强制性的，例如，在标准条件下，某些生长特征被用于物种划分(例如:青霉菌)．

3. （3）

   物种的概念。尽管建议采用多种实验方法的组合(称为多相方法或综合分类学)来划分物种，但作者应提供用于划分新提出物种的指导物种概念的声明(Lücking等。2020)．因为应用的最佳物种概念可能各不相同，新物种的作者应该熟悉已经测试过并应用于他们的种群的概念。一种推荐的策略是向某一特定类群的分类学专家咨询，或者考虑他们在描述新物种时的合作。

4. （4）

   最低限度接受的生态和地理信息．生境是指收集材料的生态系统(如针叶林、湖泊、咖啡种植园)。基质是材料生长的地方(如木材、橡树叶、土壤)。只使用术语“宿主”来描述直接从另一个生物体上或从另一个生物体内部分离的共生体(如病原体)。Quercus阿尔巴)．当生态未知时，应指出这一点(Durkin et al。2020)．理想情况下，地理信息应包括采样坐标、海拔高度、气候(温度或气候分类)和生物群落的描述(包括主要生物);对于土传物种，重要的是根据粮农组织WRB (IUSS工作组)指定土壤类型2015)．地理坐标应以十进制表示，以便在进一步分析中使用。

5. （5）

   DNA条形码序列的发表。建议在可能的情况下，尽可能将DNA条形码序列提供在公共存储库中，用于正型标本或前型菌株。公共存储库登录号应该作为存储声明的一部分与类型指定一起包含。我们建议生成并发表真菌条形码位点(ITS, Schoch等。2012)，以及任何其他分类单元特有的二级条形码位点。

6. (6）

   遵守《生物多样性公约》和《名古屋议定书》。1992年通过的《联合国生物多样性公约》及其补充协议之一——2010年《名古屋议定书》，旨在促进生物多样性保护，确保生物多样性的可持续利用，并实现生物多样性利用的公平公平利益分享。在这方面特别重要的是，承认个别国家对其境内遗传资源的主权，并声明未经样本收集者与遗传资源原产国主管当局之间的协议，不得移走这类材料。由于铅字藏品应从其所在环境中移出并保存在单一机构中(第40.7条)，因此应始终考虑以下规定:(1)合法采样;(二)法定取证;(3)收集材料的利用(研究)。虽然这听起来微不足道，但重要的是要记住，在收集样本之前，必须获得采样许可证。根据国家CBD/NP法规，许多公共收藏(保存(死)材料的真菌/标本室和活培养的生物资源中心)检查以确保所有新沉积物遵守法规，并要求提供相关采样和/或研究许可的副本。建议作者在方法或致谢中也包括关于CBD/NP符合性的声明。虽然CBD和NP代表国际法规，但大多数国家对收集和研究也有单独的法律要求，即使该国没有批准CBD(例如美国)或国家NP法规不适用于特定领土(格陵兰岛)。我们鼓励分类学家与目标国家的同事进行合作。

新的组合、新排名的名称和替换名称:强烈建议发表的新组合应包括分类学决定的证据，在进行任何更改和引用之前，应检查碱名(或替换的名称)的类型。应提供一份声明，说明为何该种不应归入前属，而应更适当地归入新属。当将物种组合成不同属时，包括如何将新重组的物种与该属中其他类似物种区分开来的注释。

代表:一种类型作为今后比较分析的标准，其目标是被选为该物种的典型代表。在可能的情况下，应从具有足够材料的集合中选择全型，用于生成DNA条形码和指定其他同型。当先前发表的名称的原始类型材料很差或不明确时，新的组合可能受益于一个epitype的指定。确定是否有必要进行缩影化的指导方针已在其他地方发表(Ariyawansa等。2014)．在任何可能的情况下，应从与原始类型相同的地理区域和生境、底物或寄主中指定表型。只有完整型、定型型或新型(第9.9条)可以被具体化，并且在指定一个定型型时，必须引用该定型型所支持的完整型/定型型/新型。如果原始正型标本丢失，并且没有原始材料(或原始插图)可用于选择分型，则应指定新型，其条件应与表型相当，即应允许对物种进行准确的解释。

诊断和描述:的代码不再要求同时发表诊断和描述，尽管至少其中一个必须包括在内。然而，ICNapf建议两者都使用，因为它们有不同的用途(Rec. 38B.1)。

1. (1）

   诊断．诊断是将新分类单元从相似的已描述分类单元中划分出来的简短说明。诊断的目的应是提供关于准确鉴定物种的关键诊断特征的简明说明。

2. （2）

   描述．与诊断相反，描述的目标是对新分类单元的特征提供完整和详细的描述。描述中包含的数据因分类组而异，但总体目标是为用户提供足够的特定于分类组的详细信息，以便明确地确认识别。一般来说，描述性数据遵循广泛建立的不同分类组的标准(见建议的模型论文)。数据类型将包括一个完整的形态学/表型描述，这些描述来自于对多个集合或分离株中的多个标本的检查;已知的地理范围和主机或基质偏好;以及其他分类单元特定的数据，如酵母同化面板或代谢概况的发表。

3. （3）

   图片和/或插图．通常需要并强烈建议使用照片板或插图来表明清晰的形态/表型特征，以支持描述。作者应提供高质量的新物种图像，包括一般栖息地的图像，包括特写镜头，以及诊断解剖特征，如切片、培养特征或孢子。在更大的物种群中一致的非诊断性解剖特征不需要加以说明。为了决定包含哪些图像，作者应该记住，后续的研究人员应该能够根据描述和图像轻松地评估字符，而不必重新研究类型材料。当注册一个新的分类单元时，也建议在注册中添加图像，特别是如果原始语发表在没有开放访问的期刊上。

4. （4）

   笔记。注释用于扩展诊断，例如通过提供相对于大量相似和/或相关物种的新分类单元的更广泛的分类学讨论，以及为什么一个分类单元被认为是新分类单元的理由。它们也是包含任何命名注释的地方。应引用从其中取得比较数据的基础分类学工作。

物种作者引用:物种作者引用，即一个新分类单元的作者命名，也遵循命名惯例。真菌分类单元作者的名称遵循标准化形式，通常是缩写，其完整列表可在指数Fungorum（http://www.indexfungorum.org/names/AuthorsOfFungalNames.asp)及国际植物名称索引(国际)(https://www.ipni.org/)．第一次使用新名字的作者应该检查一下指数Fungorum或IPNI，以确保为其名称选择的缩写没有被使用。后续的新分类单元应该对任何给定的作者使用相同的缩写。如果作者改变了他们的名字，例如结婚，他们应该保持他们原来的名字为新的分类单元。同样重要的是确定要包含在分类单元名称中的作者。这些可能与描述新分类群的论文作者相同，也可能不相同。分类单元作者的选择应与论文作者考虑相同，即应由直接参与收集和/或确定新分类单元的身份和地位的人员组成。应避免在分类单元名称后出现多余或无理由的作者，从而导致很长的作者列表。还要记住，社区惯例是，以特定的活着的人命名的新分类群不应该发表在受尊敬的人是共同作者的论文中。

选择刊物:现在只允许在线期刊和格式的有效出版(但见上文)。但是，我们建议作者只在同行评议的出版物上发表文章，并且新名称包括详细的描述、插图和注释，即使出版场所不要求也一样。

分子数据的使用:在系统发育分析中应用分子数据来划分类群已成为一种广泛的有益实践，可能是精确划分复合体中隐藏类群或物种的最佳方法之一。在大多数情况下，系统发育证据的使用应该是用于支持识别分类学新颖性的多种类型的数据之一。仅在单位点系统发育分析的基础上发表新物种的名称只应在特殊情况下进行，例如先前的研究已经证明了它们用于区分同一谱系中的物种。为确保从系统发育分析中得出的推论的可重复性和准确性而提出的最少信息建议如下:

1. (1）

   已排序的代表数．在任何可能的情况下，一个新分类单元的多个序列代表应包括在分析中，至少包括模式标本。在特殊情况下，这可能是不可能的，建议重复测序各自的DNA位点，以确保数据的准确性。

2. （2）

   测序位点数。在可能的情况下，分类学推断应基于多位点分析。单位点分析支持来自许多其他证据线的数据可能是合适的，只要位点选择与先前证明的为所考虑的分类群提供足够分辨率的位点选择保持一致。而ITS条码区域是首选的轨迹识别在美国，它很少是物种的首选地点界定(Lücking等。2020)．我们不建议一般单独使用ITS来界定和描述新物种，除非已经证明它对所应用的群体具有适当的分辨能力。不同类群对系统发育重建和物种划界的适当位点的使用各不相同，作者应努力研究和应用最适合其类群的位点。在系统基因组分析中使用基因组数据可能满足对多个位点的要求，但仍应满足以下(3)中概述的适当分类单元采样的建议。

3. （3）

   系统发育分析的抽样策略。我们建议在将系统发育数据应用于分类单元划分的论文的方法部分中包含关于分类单元选择/采样策略的明确声明。即使有来自不同集合的多个序列和多个位点或基因组，没有适当上下文的分析也可能导致不准确的推断。强烈建议包括所处理的属或属的模式种的代表性序列，以及密切相关或相似类群的序列。在可行的情况下，应使用系谱一致性测试来划分隐种，包括除级联树外，还应发表单位点系统发育(例如在补充材料中)。如果分析中使用的序列来自公共存储库，则应引用生成这些数据的基础论文。

数据可访问性的最佳实践

物理数据:虽然不是强制性的代码，强烈鼓励将类型保存在公众可访问的、公认的生物库中。排字材料不应存放在私人/个人的菌类/植物标本室/文化收藏中。在可能的情况下，额外的类型材料，如同型、副型或外型培养应存放在多个机构。始终确保生物储存库已正确注册指数Herbariorum(梯也尔2020)或世界文化收藏名录（http://www.wfcc.info/)．存放从国外收集的材料的作者应能够证明该材料的收集符合NP并符合任何东道国关于材料存放的规定(见上文;史密斯等人。2017；Yurkov等人。2019)．类型沉积的最佳实践建议包括:

1. (1）

   选择存储库．在可能的情况下，确保存储库是一个可以通过出借或其他方式轻松获得和免费获得材料的存储库。在可能的情况下，我们建议将一个或多个同型或副型保存在其他储存库中，最好保存在不同的大陆或国家，特别是在完整型机构不容易获得的情况下。

2. （2）

   文化的集合．积极繁殖的生物材料，如积极代谢的培养物，不能作为正型，而必须以代谢不活跃的状态保存，例如在培养物收藏中通过冷冻保存或冻干，或作为真菌/植物标本中保存的干燥培养物。对于可培养的真菌代码建议保存由全型菌株制备的重复活培养物，至少保存在两个公开的培养物收藏中(Rec. 8B.1)，最好保存在多个国家或大陆。推荐遵循严格质量标准的认证存储库和生物资源中心(BRC)。凡从正型培养中获得的额外物质储存时代谢不活跃，并如此指定，则它们是同型而不是除型培养物。来自正型分离物的活菌株应包括在指定为前正型培养的类型信息中，并注明其储存库和接入号。我们不建议使用上标大写字母T作为在正型语句中表示类型的方法，因为这种使用是模糊的。也不鼓励使用等号(=)来链接从类型培养中派生的菌株。参见下面样板文稿部分中作为文化的类型引用示例类型。

数字数据:向公共在线知识库提交数据(包括标本元数据和分子序列数据)已成为现代物种描述的一个组成部分，公共序列数据库中所代表的生物多样性数量正在迅速增加(Schoch et al.;2020)．大型在线凭证样本聚合器(例如。澳大利亚生活地图集， GBIF, iDigBio, MyCoPortal，物种链接)和培养(例如CBS, UAMH, ATCC)元数据提供了重要的资源，用于突出原始出版物之外的新物种发现，并链接扩展标本的不同组成部分(标本，培养和序列)(Lendemer et al.)。2020)．现代数据使用的核心原则是需要使这些数据可查找、可访问、可互操作和可重用，并将其编纂为FAIR数据原则(Wilkinson et al。2016)．这一原则被GBIF、iDigBio等主要数据仓库和数据库的合作伙伴所采纳国际核苷酸序列数据库合作(INSDC;Karsch-Mizrachi等人。2018)，其中包括日本DNA数据库(DDBJ)欧洲核苷酸档案(ENA)和GenBank国家生物技术信息中心(NCBI)。

其中一些建议已经专门针对常用ITS条形码标记的序列记录提出(Nilsson等人)。2012)，我们在这里从更一般的意义上展开。标本凭证和菌株元数据应始终填充为INSDC记录。这意味着列出沉积的地点(参见上面的选择指南)。如果正确提供了机构代码，则可以直接从机构数据库获取元数据。只有当它的馆藏被数字化并在网上可用时，这才成立。如果其他地方没有在线提供数据，则应提供完整的数据。请勿将多个同型或共相同菌株的凭证信息合并在单个序列记录中;而是指从其中得到序列数据的单个样本凭证。更详细的建议如下:

1. (1）

   提交元数据样本．在真菌/植物/文化收藏中存放数量丰富的标本，达尔文核心(DwC)格式的元数据，在线共享它们的记录，不仅有助于使新分类群合法化，而且允许用户轻松地查找、访问和验证材料，而无需搜索大量出版物。在已知的情况下，样本元数据至少应包括:1)国家、州/省、直辖市和地点;2)生境、基质和寄主(如适用);3)十进制经纬度;4)标高(米);5)收集日期，如为培养，则为隔离日期;6)收集者及收集编号;7)真菌/植物标本馆首字母缩写和条形码或登录号(见表)1)．培养收集所需的常规信息是类似的，除了4和7之外，所有这些字段都是沉积所必需的(Boundy-Mills et al。2016)．一旦标本记录数据在网上可用，它们就可以与命名库(真菌名称，索引真菌，MycoBank)、基因序列数据库(例如基因库)、公民科学家网站(即蘑菇的观察者，iNaturalist)，以及生态入口(例如FunGuild)．将标本数据与在线公共格式的辅助机器可读数据连接起来，扩展了新物种的有用性，并增强了新真菌类群的发现。

1. （2）

   序列提交．

   1. 一个。

      任何序列标记都应根据其常用的位点或基因名称进行清楚的标记。拟作为DNA条形码提交的序列应只包括该标记的常用区域，以便使BLAST搜索以最佳方式工作。例如，ITS区域的提交(Schoch et al。2012)应该只提交简短的SSU和LSU侧翼序列(Moncada等。2020)．

   2. b。

      修剪序列的低质量末端。序列质量受到这些可变末端的影响，它通常会影响质量检查，增加内含子注释错误的可能性等，这可能意味着一些标记序列被标记为未经验证，从而被排除在某些数据库搜索之外。

   3. c。

      确保提交整个序列，而不仅仅是可能排除可变区域的对齐区域。

   4. d。

      请遵循您正在使用的INSDC成员数据库所规定的说明。请注意，并非所有字段都由所有三个成员共享。

   5. e。

      与公共序列记录相关联的凭证信息应该按照DwC数据标准进行结构化，以实现凭证及其生物库的索引(Schoch等。2020)．在NCBI生物收集数据库中进行初步搜索(Sharma et al。2018)应提供有关所使用的唯一代码的信息。这个数据库包含了来自其他更广泛资源的信息．指数Herbariorum是真菌/植物标本馆的机构首字母缩写的参考(梯尔2020；指数Herbariorum,http://sweetgum.nybg.org/science/ih/)．对于文化收藏世界文化收藏名录(CCINFO) (http://www.wfcc.info/),世界微生物数据中心（http://www.wdcm.org/)提供标准缩略语。大多数真菌/植物标本馆/文化收藏并不把它们的藏品分成内部收藏，因此通常的用法只有两个部分，例如“NY:1234”或“CBS:1234”。在某些情况下，真菌学收集将有一个单独的条目，建议在NCBI生物收集中验证这一点。例如，英国皇家植物园邱园(Royal Botanic Garden Kew)的真菌室使用K(M)，在K(M)后面跟着登录号“K(M):123456”。

   6. f。

      样本记录可以通过NCBI提供的LinkOut功能链接到GenBank，例如ITS-LSU序列记录Cortinarius wiebeae（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/KF732479)链接直接从提供的LinkOut链接(https://mycoportal.org/portal/collections/individual/index.php?occid=343584)，将他们的ITS序列链接回GenBank记录。

   7. g。

      有关NCBI中最常见限定符的简要建议，请参见表1．不要添加重复的凭证信息，如同型或共同菌株;任何凭据信息都应保留给产生序列的标本/培养物。任何附加信息都可以作为注释添加。

准备新物种手稿和描述的模型

发表新物种的清单:无花果。1．

关键字的使用:任何发表一个或多个分类学新发现的论文都应包括关键词“X个新分类群”，以帮助在线索引数据库，其中“X”代表引入的新分类群的数量(Schoch et al。2017)．

已发布的新物种最佳实践示例:下面提供了描述不同种类的新物种和名称的几个示范例子。

1. (1）

   孢子真菌新种。Niveiro等。2020．https://doi.org/10.3897/mycokeys.66.4871；Réblová等。2020．https://doi.org/10.3897/mycokeys.74.57824）

2. （2）

   包括酵母在内的培养真菌新种。沃尔什等人。2021，https://doi.org/10.1080/00275514.2020.1803649；Haelewaters等人。2020，https://doi.org/10.3114/fuse.2020.05.12；桑托斯等人。2020，https://doi.org/10.1002/yea.3453；Aime等人。2018，https://doi.org/10.1080/00275514.2018.1446650；Bezerra等人。2017，https://doi.org/10.1007/s11557-016-1254-0；Toome等人。2013，https://doi.org/10.3852/12-251；Gimánez-Jurado等。2003，https://doi.org/10.1099/ijs.0.02470-0）

3. （3）

   不育的物种(仅从营养结构中得知)(即。大多数内生真菌)。(Noumeur等。2020，https://doi.org/10.1007/s11557-020-01581-9；Wibberg等。2021，https://doi.org/10.1007/s13225-020-00447-5；科赫等。2018，https://doi.org/10.1007/s11557-018-1411-8；Knapp等人。2015，https://doi.org/10.3767/003158515X687669）

4. （4）

   寄生新种/致病真菌。Liu et al.;2020，https://doi.org/10.1080/00275514.2020.1781496；Luo等人。2017，https://doi.org/10.1080/00275514.2017.1400306；Aoki等人。2013，https://doi.org/10.3852/12-262；爱德华兹等人。2016，https://doi.org/10.3852/15-333）

5. （5）

   地衣或地衣真菌的新种。(Lendemer2021，https://doi.org/10.1639/0007-2745-124.1.090；Spribille等人。2020，https://doi.org/10.1017/S0024282920000079；Diederich等人。2019，https://doi.org/10.2478/pfs-2019-0021；Lücking等。2017，https://doi.org/10.1007/s13225-016-0374-9）

6. (6）

   真菌化石的新种。庞德等。2019，https://doi.org/10.1080/01916122.2018.1473300）

7. (7）

   新神秘真菌种。(Kruse等。2018，https://doi.org/10.5598/imafungus.2018.09.01.05）

8. （8）

   基于分类单元特有特征的新种。Kuhnert等。2017，https://doi.org/10.1007/s13225-016-0377-6）

9. （9)

   基于分子诊断的新种．林德等。2017，https://doi.org/10.5598/imafungus.2017.08.01.03）

10. （10）

    新组合。(Hernández-Restrepo等。2020，https://doi.org/10.3114/fuse.2020.06.01；罗和张2013，https://doi.org/10.3852/12-359）

11. （11）

    “旧”名称的复兴和应用。(Wittstein et al。2020，https://doi.org/10.1016/j.simyco.2020.01.001；Minnis等人。2012，https://doi.org/10.3852/11-350）

12. （12）

    Epitypification。(Mighell et al。2021，https://doi.org/10.1080/00275514.2020.1816386；Lendemer2020，https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1002/tax.12289）

在GenBank中提交的示例:

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/MH040548.1

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NR_111529.1

请注意，第二个示例是NCBI RefSeq条目，它是由NCBI管理员从GenBank记录中选择的，在这种情况下接收了附加的元数据，尽管序列数据保持不变(Robbertse et al.)。2017)．

新物种描述模板示例:

Mynew物种身份验证。和Auth2, sp. nov。无花果(s)XXXX[引用所包括的内容]。

[其中之一]真菌名称/索引真菌/真菌库:FN/IF/MB XXXXXX。

词源:解释新物种名称的来源和含义(第23条)。在选择名字时，请记住发音和/或拼写的便利性。见斯登(1992)，查阅描述性名词和地理区域或地名的拉丁文版本。

诊断[英语或拉丁语]:类似于Xxxxx xxxx但在某些关键/诊断特征上有所不同。

［例1型为非培养标本］类型:国家:州/省、市/县/区、地区;地理坐标(十进制)，海拔高度(米)。生物群落/栖息地,衬底/主机。收集/隔离日期(0000月00日)。收集器编号．（正模标本FUNGARIUM /标本XXXX;同形像统计图FUNGARIUM /标本XXXX;GenBank/ENA/DDBJ: XXXXXXXX (ITS);XXXXXXXX (Other_locus)。

［例2是一种培养］类型:国家:州/省、市/县/区、地区;地理坐标(十进制)，海拔高度(米)。生物群落/栖息地,衬底/主机。收集/隔离日期(0000月00日)．收集器编号．（正模标本FUNGARIUM/HERBARIUM/CULTURE_COLLECTION XXXX，代谢不活跃状态储存;同形像统计图FUNGARIUM/HERBARIUM/CULTURE_COLLECTION XXXX，代谢不活跃状态储存;. GenBank/ENA/DDBJ: XXXXXXXX (ITS);XXXXXXXX (Other_locus)。

描述[英语或拉丁语]:此部分将包含完整的描述，包括:

性变形(如果存在)。

无性变形(存在的地方)。

Taxon-specific descriptors-e.g。，assimilation tests, biochemical analyses, gross culture morphology, optimal growth temperatures. Refer to photographs and/or illustrations that supplement descriptions.

生态/衬底/主机:本节将简要介绍已知的生态系统，包括生物群落、生境和底物/寄主。

分布:这一节将简要说明这个新分类单元目前已知的分布情况。这可能包括从公共存储库检索的数据，例如从GenBank、UNITE或globalfungus检索的ITS blast，这些数据显示了超出实际检查材料的扩展范围。

材料检查的所有其他附加集合/分离的列表Mynew物种．格式与正版印刷相同。在适当的情况下，还可以包括第二段，列出与之比较的非特定集合Mynew物种划分新种，并应包括供比较之用的其他模式标本或属型。

笔记:这些将包括关于新分类单元的任何附加说明。这些通常包括:(1)对新分类单元的基本原理的简要总结，包括对基础数据及其局限性的考虑。(2)在诊断上展开比较分类学讨论，其中Mynew物种与所有相似和相关的物种进行比较，例如形态相似的物种，共享相同的生态位或宿主的相似物种，共分布，和/或系统发育密切相关。包括从比较数据获得的基本分类学参考文献的引用。(3)必要时，应增加一段关于命名方面的内容，特别是是否已对现有名称类型进行了研究，以确保新物种没有较早的可用名称。(4)关于新分类单元的其他说明，如独特特征或潜在用途。

新建组合描述的模板示例:

Mynew组合(身份验证)。Auth2,梳子。11月。

[其中之一]真菌名称/索引真菌/真菌库:FN/IF/MB XXXXXX。

Basionym:原文名称，作者和有效出版地点的完整和直接引用，并注明页码(或版号)和日期。有关不同情况下的适当引用，请参阅ICNafp第30.3条。

(在必要时)代表:这里指定的Lecto/Neo/Epitype:国家:州/省，市/县/区，地区;地理坐标(十进制)，海拔高度(米)。生物群落/栖息地,衬底/主机。收集/隔离日期(0000月00日)。收集器编号．（Lecto /新/ EpitypeFUNGARIUM /标本XXXX;Typification_identifier[其中之一]真菌名称:FN XXXXXX - or -索引真菌:IF XXXXXX - or -真菌库:MBT XXXXXXXX). GenBank/ENA/DDBJ: XXXXXXXX (ITS);XXXXXXXX (Other_Locus)。在一个缩影的情况下，支持全型/lecto/新型也需要指出。

描述:如果有新的数据要报告，此部分将包含重新描述。或者可能包含对其他已出版的描述和插图的引用。

衬底/主机:如上所述，如果有新的数据报告。

分布:如上所述，如果有新的数据报告。

材料检查:如上所述。包括模式标本检查，已告知新的组合。

笔记:这些将概述原因Mynew组合属于Mynew属和前一个属中不存在的属以及与新属中相似或相关种的简要比较。如果有必要使用lecto/neo/epitypification，则应给出类型化行为的原因。

应该永远记住，引入一个新的科学名称是一种责任，因为它将保留在数据库中，供所有未来的研究人员考虑——即使它被证明没有有效发表，或者是一个已知物种的同义词。目前的贡献没有考虑到在描述新的真菌物种时可能遇到的各种分类学陷阱，其中一些最近已经在其他地方指出(Hawksworth2020)．它也没有解决围绕以前出版的名称及其类型化的应用问题，这有时可能很复杂，特别是对于18和19世纪出版的名称，在缺乏国际公认规则的情况下(Dayarathne et al。2016)．因此，ICTF正在计划一份关于处理旧名称的最佳实践的补充指南，以及示范论文(no。11，以上)提供指导。最后，ICTF正在计划一份指南，涉及与真菌凭证和培养物的收集和存储相关的其他问题，这将扩展当前文件中的建议。

在本文中，我们提供了有效、有效和合法发表新分类群的正式要求清单。此外，还就作者的责任提出了建议，例如提供足够的描述性数据和数字，在比较中使用的基础数据的归属，以及准确地注释公共数据库中的数据。理想情况下，我们建议期刊至少采用这里建议的最低要求的实践。此前，ICTF已经发布了关于报告新分类群关键词的最佳实践建议(Schoch et al。2017)和斜体字的使用(Thines et al。2020)，并被许多期刊采用，并被包括在作者指南中。我们提供了一些工具，如检查表和模板，以确保发布的数据同时满足代码以及社区最佳实践。我们还鼓励发表新物种的分子数据，特别是DNA条形码数据。如前所述，仅从序列数据中知道的谱系的命名目前没有被处理代码但实际的解决方案仍在真菌社区的讨论中(Lücking等。2021)．虽然没有一组建议适用于所有真菌和所有情况，但作者有责任为未来的用户提供尽可能多的高质量数据。通过遵循这些准则，包括重要但经常被忽视的在发表时更新存储库的步骤，分类学家将允许对分类学假设进行独立验证，并确保数据管理有利于下游使用和获取准确的生物多样性信息和元数据。

数据共享不适用于本文，因为没有专门为此目的生成或分析数据集。

本文件是基于ICTF成员的多次讨论;我们也感谢Keith Seifert对早期讨论的帮助。我们感谢Heide-Marie Daniel, Aime实验室的学生，以及两位匿名审稿人对本手稿早期版本的有益评论。

我们感谢以下支持:美国农业部Hatch项目1010662 (MCA);美国国立卫生研究院(CLS)国家医学图书馆的校内研究计划;德国科学基金会(Th1672/19-1)和黑森政府的LOEWE计划，在翻译生物多样性基因组学中心(MT)的框架下;美国国家科学基金会(DEB 1452971)。

作者及隶属关系

1. 普渡大学植物学和植物病理学系，西拉斐特，IN, 47907，美国

   凯瑟琳·艾梅

2. 伊利诺伊州自然历史调查，伊利诺伊大学香槟分校，香槟，IL, 61820，美国

   安德鲁·n·米勒

3. 日本农业和食品研究组织遗传资源中心，日本筑波，茨城县，305-8602

   孝青木

4. 韦斯特迪克真菌生物多样性研究所，乌普萨拉兰8,3584ct，乌得勒支，荷兰

   康斯坦泽·本什和佩德罗·w·克罗斯

5. 中国科学院微生物研究所真菌学国家重点实验室，北京市朝阳区北辰西路1号，100101

   Lei蔡

6. 比较植物和真菌生物学，皇家植物园，邱园，萨里，TW9 3DS，英国

   大卫·l·霍克斯沃斯

7. 自然历史博物馆生命科学部，伦敦克伦威尔路，SW7 5BD，英国

   大卫·l·霍克斯沃斯

8. 吉林农业大学，吉林长春130118

   大卫·l·霍克斯沃斯

9. 泰国湄法銮大学真菌卓越研究中心，清莱，57100

   凯文·海德

10. 生物多样性信息学与空间分析，皇家植物园，伦敦里士满，TW9 3AE，英国

    保罗·m·柯克

11. 植物园和植物博物馆，自由Universität柏林，Königin-Luise-Str。6- 8,14195年，德国柏林

    罗伯特高年级队

12. 澳大利亚维多利亚州墨尔本伯德伍德大道维多利亚皇家植物园

    汤姆·w·梅

13. 微粒学部，伯南布哥联邦大学Biociências中心，累西腓，PE, 50740-600，巴西

    伊莱恩Malosso

14. 加拿大农业和农业食品部渥太华研究发展中心，加拿大安大略省渥太华K1A 0C6

    斯科特·a·雷德海德

15. 俄勒冈州立大学植物学与植物病理科，科瓦利斯，97333，美国

    艾米·y·罗斯曼

16. 微生物药物部，Helmholtz感染研究中心，Inhoffenstrasse 7, 38124，布伦瑞克，德国

    马克·施

17. 德国歌德大学生物科学系生态、进化与多样性研究所，Max-von-Laue-Str。13,60438，法兰克福美因，德国

    马可你

18. 森肯堡生物多样性和气候研究中心，德国美因河畔法兰克福市森肯堡村25,60325

    马可你

19. 莱布尼茨研究所德国微生物和细胞培养集，布伦瑞克，德国

    安德烈·m·尤尔科夫

20. 罗格斯大学植物生物学系，美国新泽西州新不伦瑞克，08901

    宁张

21. 国家生物技术信息中心，国家医学图书馆，国家卫生研究院，45中心路，马里兰州贝塞斯达，20892，美国

    康拉德·l·肖赫

贡献

手稿最初由MCA、CLS和ANM起草。所有作者都在几轮中对草案提出了意见，并作出了重大修改。所有作者都阅读并批准了最终草案。

相应的作者

对应到凯瑟琳·艾梅．

伦理批准并同意参与

不适用。

发表同意书

不适用。

相互竞争的利益

两位作者宣称他们之间没有利益冲突。

出版商的注意

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